版本变化1.9.4 (2020-04-06)o改变hashmap包调用散列包hashmap不再是凹口。版本变化1.9.1 (2019-12-23)o的改变实例弃用“plotQC ()”,“plotHighestExprs()的变化版本1.5.2 (2018-12-18)o sc_correct_bam_bc,添加新功能将更新细胞条码标签与纠正条形码bam文件,使用现有的细胞条形码注释。版本变化1.3.16(2018-10-31)阿加特拉维斯集成和codecov报告。o固定破碎的例子的变化版本1.3.13固定错误(2018-10-22)o ' create_report()”由于“变化”拟声唱法参数变化版本1.3.11 o添加“get_ercc_anno()函数来检索ERCC注释data.frame o固定的sc_detect_bc()返回一个细胞比要求的变化版本1.3.10 o作为注释添加选项使用农庄组织对象o选项添加到使用SAF格式化data.frame对象作为注释o添加支持gzip注释文件版本变化1.3.8 o修复一个小虫子在细胞条形码多路分解o纠正“后缀”论点“sc_detect_bc”“前缀”版本的变化1.3.7 o增添了多线程的parse_align o nthreads参数添加到“parse_align”和所有上游包装更改1.3.6 o版本中支持多个bam文件相同的样本池作为外显子映射输入变化版本1.3.5 o bug修复变化1.3.4 o把“distance_to_end”回去。1.3.2 o添加gzip输出的变化版本的sc_trim_barcode()”,如果输出文件名结尾”。广州然后gzip输出会产生。o说“get_read_str()的函数获得共同阅读结构。1.3.1 o版本更新变化sc_exon_mappping的功能所以现在可以接受多个bam文件,连同细胞id或细胞条形码的列表。改变版本1.1.4 o提高“sc_detect_bc”功能。添加白名单列表的已知10 x条形码还添加了一个新参数“number_of_cells”限制细胞条形码的最大数量的结果。1.1.0-1.1.3 o修复bug的版本变化与外显子的重新映射算法的变化版本1.0.9 o修复bug可能不重合的外显子映射读取从gencode o人造石铺地面支持文件或refseq 1.0.8 o版本的变化更新版本中的id基因注释代码更改1.0.6 (2017-12-18)o现在id转换也可以通过使用bioconductor注释完成包,当biomart无法连接。 Changes in version 1.0.5 (2017-12-14) o Fixed bugs in slim report and trimbarcode error message o Fix incomplete error message o Documentation updates, new functions and bug fixes Changes in version 1.0.4 (2017-12-04) o In `detect_outlier`, give more informative error message when some cells or QC metrics have zero values. Changes in version 1.0.3 (2017-12-03) o fix a bug in `validObject`. the default value for gene id and organism is set to NA Changes in version 1.0.2 (2017-12-01) o fix errors in unittest Changes in version 1.0.1 (2017-11-28) o Bug Fix: Fixed handling of colData through QC_metrics (https://github.com/LuyiTian/scPipe/issues/34) Changes in version 0.99.20 (2017-09-22) o scPipe now supports SingleCellExperiment class and use it as the base class o add two functions `plot_demultiplex` and `plot_UMI_dup` o scPipe support the offical bam tags for cell barcode and UMI Changes in version 0.99.0 (2017-07-28) o Package prepared for Bioconductor submission.