PWMEnrich包版本4.5.1:o日志(假定值)转换回假定值为人类使用chi-sq分布版本4:o新算法对人类背景o新功能:toPWM(),烤瓷和项目组合管理系统3.5版:回复PWMEnrich 2 o经过进一步测试。x组假定值算法o介绍组排序由顶级主题版本3.1.4(猛击分支只):o组序列的估计假定值的新方法。注意这将产生不同的假定值比PWMEnrich 2组序列。x !版本2.4.4:o插曲更新和修复命名列的主题浓缩报告2.4.2版本:o提高发起人选择人类和小鼠基因组(副本现在无视)版本测试盒框:o重大更新添加了更多的功能和小修正o sequenceReport()和groupReport()更容易报告生成o想象主题分数沿序列plotMotifScores () o为主题创造经验CDFs分数o几乎完全重写的装饰图案强调主要用例o转换documenation roxygen2版本2.3.2:o构造子集从迭戈Diez 2.3.1版本功能背景:o修复一个缺陷与plotTopMotifsSequence()调用一个未知函数实现集团。只有背景,不仅pval motifEnrichment () o新的默认plotMultipleMotifs()所以利润更好的2.2版本:2.12 o Bioconductor发布版本(2.0.0一样)2.0.0版本:o一般清理代码的各种小优化o FASTA文件名现在也采取作为输入motifEnrichment o motifEnrichment的输出()()现在包裹到一个类MotifEnrichmentResults提供许多便利方法等常见任务排名和策划主题o函数makeBackground()和getBackgroundFrequencies()现在可以将BSgenome对象作为输入。感谢迭戈Diez表明这并提供代码。o motifScores的另一个版本()实现的,需要大量的内存,但至少是2倍老motifScores()实现。使用一个新的选项useBigMemoryPWMEnrich()来切换到该实现。seq o PFMtoPWM现在接受一个新的参数。数这MotifDb图案表示为概率而不是频率很容易使用。1.3.0版本版本:o Bioconductor 2.11版本版本1.0.2版:o使用核心包并行代替doMC版本1.0.1:o修复一个问题在测试用例和删除doMC构建依赖版本1.0.0:o最初版本的包