版本1.4.0变化- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - o (Bug修复)——“findStudiesInCluster”:单个元素集群现在返回正确的研究,而不是“零”o[主要]——“findStudiesInCluster”:输出包括PC集群的参与研究和方差解释道。与“studyTitle = FALSE”,输出将是一个数据帧,不是一个特征向量。——“subsetEnrichedPathways”:新参数“include_nes”是补充道。如果它被设置为“真正的”,将包括从GSEA NES的输出。——“getRAVInfo”和“getStudyInfo”:两个新函数提取红光和研究的基本元数据,分别。——我们描述红光与当前可用的难以解释的相关信息(可以找到更详细的bit . ly / RAVmodel_characterization)。以下功能,将任何输出包括红光defulat信息:‘meshTable’,‘drawWordcloud’,‘heatmapTable’,‘validatedSignatures’。你可以小睡通过设置“filterMessage = FALSE”——新的所需参数的RAVmodel以下功能:‘annotatePC’,‘heatmapTable’和‘validatedSignatures’。——“版本”新访问器可用来检查的版本RAVmodel——新功能“availableRAVmodel”将输出RAVmodels的不同版本可供下载。——“getModel”功能现在需要一个新的论点,“版本”,指定RAVmodel下载的版本。 o [Minor] - miniRAVmodel is updated CHANGES IN VERSION 1.2.0 ------------------------ o [Bug Fix] - `n` argument of `annotatePC` was hard-coded. Now it can return different number of enriched pathways. - `abs` argument of `annotatePC` was fixed. - Fix wrongfully assigned variable within `plotAnnotatedPCA` function. o [Major] - `drawWordcloud` has a new argument `droplist`. - Argument name for `plotAnnotatedPCA` is changed from `PCs` to `PCnum`. - New argument `studyTitle` for `findStudiesInCluster` function. o [Minor] - Description of the package is updated. - If non-existing index is provided for any function, it will return with the error message. CHANGES IN VERSION 1.0.0 ------------------------ o Initial release of the 'GenomicSuperSignature' package