1.5.3 - - - - - -更正版本的变化- - - - - - - - - - - - - - - - - - -新功能与新的InteractionSet包*集成提供了新功能包括更多的重叠方法和转换到其他类来存储基因组交互数据。看到InteractionSet文档以了解更多的细节。重要用户级变化* InteractionSet集成后,距离计算完成不同,有些距离相差1 bp。弃用和已经* annotateAnchors是过时,取而代之的是“annotateRegions”。1.1.0版本的变化- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -新功能*导入方法读取数据从两个包含成对的bam文件读取结束。*函数删除重复的相互作用:“removeDups”*两种方法寻找可能的距离为自我结扎切断:“get_binom_ligation_threshold”和“get_self_ligation_threshold”。*“countsBetweenAnchors”:一个函数来总结一套基因组区域之间的相互作用。重要用户级* GenomicInteractions对象的更改已经重构了一致性与农庄组织对象。交互层面的元数据,比如现在假定值存储为DataFrame访问使用“mcols”。*从文件导入数据现在使用“makeGenomicInteractionsFromFile”*“GenomicInteractions”可以用来构造一个新对象从锚农庄对象和元数据。 * 'show' method looks nicer and is faster. DEPRECATED AND DEFUNCT * 'FDR', 'pValue', 'normalisedCounts', 'genomeName': no longer needed because of refactoring. Access metadata by 'mcols' instead. * 'count' renamed to 'interactionCounts' BUG FIXES