版本0.1.25的更改-------------------------用户可见的重大更改o文档和小插图的更改。增加了新的功能，更多地支持基因名称和奇怪的外显体。版本0.1.11的变化-------------------------显著的用户可见的变化o并行化的可能性增加到代码，其描述在小插图和单外显子基因被适当忽略。0.1.10版本的变化-------------------------“estimateSizeFactors”和“estimatedispersions”函数作为S4方法添加的重大用户可见变化，没有更多的问题时加载DESeq和DEXSeq在同一R会话变化版本1.3.2 -------------------------显著用户可见的变化更多的选项和灵活性添加到“estimatelog2FoldChanges”变化版本1.3.3 -------------------------显著用户可见的变化现在任何功能依赖于因素的层次的顺序。版本1.5.3的变化-------------------------显著的用户可见的变化o TRT方法被实现，对于有大量样本没有完成或速度问题的人。版本1.5.3的变化-------------------------显著的用户可见的变化o在python脚本中添加了一个参数-r，允许用户忽略属于几个基因的外显子箱，分别处理这些基因，或者将这些基因合并成一个聚合基因。最后添加了python脚本的等效R实现。版本1.7.14中的更改-------------------------用户可见的重大更改o对小插图的更改，以提供更多对工作流程的端到端描述。修改函数名，现在将两行表(TRT)而不是BM作为默认值;改变小插图反映这一点。 o Added appendix explaining TRT to vignette. CHANGES IN VERSION 1.9.7 ------------------------- SIGNIFICANT USER-VISIBLE CHANGES o Major code revisions: the ExonCountSet object was deprecated and substituted by the DEXSeqDataSet class, a subclass of the DESeqDataSet. o DEXseq now uses the DESeq2 package as internal engine and backbone for all analyses o All functions and methods for the ExonCountSet object were replaced by new functions o DEXSeq is now better integrated with other Bioconductor packages o We now use knitr to build the vignette CHANGES IN VERSION 1.17.28 ------------------------- o Added support for estimating fold change rates with continous variables. o Reduced RAM usage when parallelizing