#更改日志显著改变这个项目将在这个文件记录。# #(2.4.1)——2020-10-27 -可可论文参考添加新版本新功能plotAnnoScoreDist添加到可视化可可评分结果的趋势。-得分中位数计算方法添加可可分数# #[2.0.0]——2019-10-30——监督分析功能添加-置换测试统计学意义重大改变用户界面:参数/函数/输出列名称变化——runCOCOA = > aggregateSignalGRList - loadingMat = >信号PCsToAnnotate = > signalCol - orderByPC = > orderByCol regionGR = > regionSet(一些函数已经regionSet param)——pcScores = > sampleScores - signalAlongPC = > signalAlongAxis cytosine_coverage(列名的输出runCOCOA ()) = > signalCoverage - region_coverage(列名的输出runCOCOA ()) = > regionSetCoverage - aggregateLoadings = > aggregateSignal getLoadingProfile = > getMetaRegionProfile - total_region_number = > totalRegionNumber mean_region_size = > meanRegionSize - regionQuantileByPC = > regionQuantileByTargetVar新列添加到输出runCOCOA multi-base数据(只):sumProportionOverlap getMetaRegionProfile, scoringMetric = > aggrMethod——signalAlongAxis pcScores = > sampleScores -添加功能等提出数据ATAC-seq——默认设置自动检测是否单基地(如数据。像ATAC-seq DNA甲基化或多个基地。——不同的计分法单基地和多个基本数据——改进的内存使用/效率-改变包数据-删除brcaLoadings1对象添加更多样本DNA甲基化数据-添加ATAC-seq数量和相关的坐标添加病人的元数据BRCA病人——重大变化小插曲——重组片段都在装饰图案-添加ATAC-seq部分添加监督可可部分—修改无人监督的DNA甲基化部分-其他变化absVal参数添加几个函数(aggregateLoadings, getLoadingProfile runCOCOA) - getMetaRegionProfile:默认binNum从25 - 21 -新功能:getTopRegions() -添加fitdistrplus和simpleCache依赖性wilcoxon等级评分法和弃用# #(1.0.2中)——2019-03-06 - Bug修复:getLoadingProfile()时错误signalCoord和regionSet之间没有重叠。现在在这种情况下返回NULL。- Bug修复:rsRankingIndex()是排序NA的结果。这是混乱的在选择顶级地区集进行进一步分析和可视化。现在NA的排序。- Bug修复:rsScoreHeatmap()也是排序NA的结果,导致潜在的不包括真正的顶部区域设置的情节。 Now NA's are sorted to the bottom. ## [0.99.9] -- 2018-10-29 - First release version - Name changed to COCOA from PCRSA (Principal Component Region Set Analysis) - Other changes to UI including function names and parameters ## [0.99.0] -- 2018-09-05 - Submitted to Bioconductor