天顶

DOI:10.18129 / B9.bioc.zenith

这是发展天顶版本;稳定版请参见天顶．

基因集分析后差分表达使用线性(混合)建模与梦想

Bioconductor版本:开发(3.17)

Zenith考虑到基因表达性状之间的相关性，采用与dream的线性(混合)建模对差异表达结果进行基因集分析。该包实现了Wu和Smyth(2012)提出的limma包中的摄像方法。Zenith是一个简单的相机扩展，与variancePartition::dream()中实现的线性混合模型兼容。

作者:Gabriel Hoffman [aut, cre]

维护者:Gabriel Hoffman < Gabriel。Hoffman在mssm。edu>

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.3”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("zenith")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“天顶”)

超文本标记语言	R脚本	zenith在GEUVAIDIS RNA-seq上的使用示例
超文本标记语言	R脚本	zenith在RNA-seq上的使用示例
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	BatchEffect，DifferentialExpression，表观遗传学，FunctionalGenomics，GeneExpression，GeneSetEnrichment，ImmunoOncology，微阵列，归一化，预处理，质量控制，RNASeq，回归，软件，转录组
版本	1.1.0
在Bioconductor	BioC 3.16 (R-4.2)(< 6个月)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R(>= 4.2.0)，方法
进口	variancePartition(> = 1.26.0),limma，EnrichmentBrowser(> = 2.22.0),GSEABase(> = 1.54.0),msigdbr(> = 7.5.1),Rfast，ggplot2，tidyr，reshape2，进步跑龙套,Rdpack,统计数据
链接
建议	BiocStyle，BiocGenerics，knitr，老鸨，rmarkdown，tweeDEseqCountData，刨边机，kableExtra，RUnit
SystemRequirements
增强了
URL	https://DiseaseNeuroGenomics.github.io/zenith
BugReports	https://github.com/DiseaseNeuroGenomics/zenith/issues
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	zenith_1.1.0.tar.gz
Windows二进制	zenith_1.1.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	zenith_1.1.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	zenith_1.1.0.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/zenith
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/zenith
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/zenith/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/zenith/
软件包下载报告	下载数据