zFPKM

DOI:10.18129 / B9.bioc.zFPKM

这是发展zFPKM版本;稳定发布版本请参见zFPKM．

促进zFPKM转换的一套函数

Bioconductor版本:开发(3.16)

对RNA-seq FPKM数据执行zFPKM转换。该算法基于Hart等人2013年发表的论文(Pubmed ID 24215113)。推荐使用zFPKM > -3筛选表达基因。用编码的开放/封闭染色体数据进行验证。使用FPKM或TPM可以很好地处理基因水平数据。似乎不能很好地校准转录水平数据。

作者:Ron Ammar [aut, cre]， John Thompson [aut]

维护者:Ron Ammar < Ron。见bms.com >

安装

要安装此包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用bio devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("zFPKM")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“zFPKM”)

超文本标记语言	R脚本	zFPKM改造简介
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	FeatureExtraction，GeneExpression，ImmunoOncology，RNASeq，软件
版本	1.19.0
Bioconductor自	BioC 3.6 (R-3.4)(5年)
许可证	GPL-3 |文件许可证
取决于	R (> = 3.4.0)
进口	使彻底失败，dplyr，ggplot2，tidyr，SummarizedExperiment
链接
建议	knitr，limma，刨边机，GEOquery，stringr，printr，rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/ronammar/zFPKM/
BugReports	https://github.com/ronammar/zFPKM/issues
取决于我
进口我
建议我	DGEobj.utils
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。

源包	zFPKM_1.19.0.tar.gz
Windows二进制	zFPKM_1.19.0.zip
macOS二进制(x86_64)	zFPKM_1.19.0.tgz
macOS二进制(arm64)	zFPKM_1.19.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/zFPKM
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ zFPKM
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/zFPKM/
包下载报告	下载数据