纱

DOI:10.18129 / B9.bioc.yarn

这是发展纱版;稳定版请参见纱．

YARN:鲁棒多条件RNA-Seq预处理和归一化

Bioconductor版本:开发(3.17)

使用先前开发的工具组合加速大型RNA-Seq分析。YARN的目的是让用户更容易执行基本的错误注释质量控制、过滤和感知条件的规范化。YARN利用许多Bioconductor工具和统计技术来解释在非常大的RNA-seq实验中发现的巨大异质性和稀疏性。

作者:Joseph N Paulson [aut, cre]， Cho-Yi Chen [aut]， Camila lope - ramos [aut]， Marieke Kuijjer [aut]， John Platig [aut]， Abhijeet Sonawane [aut]， Maud Fagny [aut]， Kimberly Glass [aut]， John Quackenbush [aut]

维护者:Joseph N Paulson < Paulson。约瑟夫在gene.com>上报道

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.3”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("yarn")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“纱线”)

PDF	R脚本	YARN:鲁棒多组织rna序列预处理和归一化
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	注释，聚类，GeneExpression，归一化，预处理，质量控制，测序，软件，可视化
版本	1.25.0
在Bioconductor	BioC 3.4 (R-3.3)(6.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	Biobase
进口	biomaRt，下载器，刨边机，gplots、图形、limma，matrixStats，preprocessCore，readr，RColorBrewer统计数据,quantro
链接
建议	knitr，rmarkdown，testthat(> = 0.8)
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我	netZooR
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	yarn_1.25.0.tar.gz
Windows二进制	yarn_1.25.0.zip(64位)
macOS二进制文件(x86_64)	yarn_1.25.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	yarn_1.25.0.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/yarn
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/yarn
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/yarn/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/yarn/
软件包下载报告	下载数据