xcore

DOI:10.18129 / B9.bioc.xcore

这是发展xcore版本;稳定的发布版本,请参阅xcore。

xcore监管者表达推理

Bioconductor版本:发展(3.17)

xcore是转录因子的R包活动建模基于已知的分子特征和用户的基因表达数据。伴随xcoredata包提供分子特征的集合,由公开ChiP-seq实验。xcore使用岭回归模型的变化表达的线性组合分子签名和发现未知的活动。,估计可以进一步检测意义选择最高的分子特征预测影响观察表情的变化。

作者:Maciej Migdał(aut (cre),BogumiłKaczkowski (aut)

维护人员:Maciej Migdał< mcjmigdal gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“xcore”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“xcore”)

HTML	R脚本	xcore装饰图案
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文本		新闻

细节

biocViews	表观遗传学,GeneExpression,GeneRegulation,回归,测序,软件
版本	1.3.0
Bioconductor自	BioC 3.15 (r - 4.2)(0.5年)
许可证	GPL-2
取决于	R (> = 4.2)
进口	DelayedArray(> = 0.18.0),刨边机(> = 3.34.1),foreach(> = 1.5.1),GenomicRanges(> = 1.44.0),glmnet(> = 4.1.2),IRanges(> = 2.26.0),迭代器(> = 1.0.13),magrittr(> = 2.0.1),矩阵(> = 1.3.4)、方法(> =以下4.4.1),MultiAssayExperiment(> = 1.18.0),统计数据,S4Vectors(> = 0.30.0),跑龙套
链接
建议	AnnotationHub(> = 3.0.2),BiocGenerics(> = 0.38.0),BiocParallel(> = 1.28),BiocStyle(> = 2.20.2),data.table(> = 1.14.0),devtools(> = 2.4.2),doParallel(> = 1.0.16),ExperimentHub(> = 2.2.0),knitr(> = 1.37),pheatmap(> = 1.0.12),代理(> = 0.4.26),脊(> = 3.0),rmarkdown(> = 2.11),rtracklayer(> = 1.52.0),testthat(> = 3.0.0),usethis(> = 2.0.1),xcoredata
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我	xcoredata
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	xcore_1.3.0.tar.gz
Windows二进制	xcore_1.3.0.zip
macOS二进制(x86_64)	xcore_1.3.0.tgz
macOS二进制(arm64)	xcore_1.3.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/xcore
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ xcore
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/xcore/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/xcore/
包下载报告	下载数据