xcms

DOI:10.18129 / B9.bioc.xcms

这是发展xcms版本;稳定版请参见xcms．

LC-MS和GC-MS数据分析

Bioconductor版本:开发(3.16)

色谱分离和单谱质谱数据的处理和可视化框架。从AIA/ANDI NetCDF、mzXML、mzData和mzML文件导入。对高通量、非目标分析物分析的数据进行预处理。

作者:Colin A. Smith [ctb]， Ralf Tautenhahn [ctb]， Steffen Neumann [aut, cre]，保罗·本顿[ctb]，克里斯托弗·康利[ctb]，约翰内斯·雷纳[ctb]， Michael Witting [ctb]， William Kumler [ctb]

维护者:Steffen Neumann

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("xcms")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“xcms”)

超文本标记语言	R脚本	用xcms对FTICR-MS数据进行分组
超文本标记语言	R脚本	LC-MS特征分组
超文本标记语言	R脚本	LC-MS/MS数据分析xcms
超文本标记语言	R脚本	利用xcms对LCMS数据进行预处理和分析
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	ImmunoOncology，MassSpectrometry，代谢组学，软件
版本	3.19.0
在Bioconductor	BioC 1.6 (R-2.1)或更早(> 17年)
许可证	GPL(>= 2) +文件许可证
取决于	R (>= 4.0.0)，BiocParallel(> = 1.8.0),MSnbase(> = 2.21.4)
进口	mzR(>= 2.25.3)，方法，Biobase，BiocGenerics，ProtGenerics(> = 1.25.1),晶格，RColorBrewer，plyr，RANN，MassSpecWavelet(> = 1.5.2),S4Vectors，robustbase，IRanges，SummarizedExperiment，MsCoreUtils，MsFeatures
链接
建议	BiocStyle，caTools，knitr(> = 1.1.0版),faahKO，msdata(> = 0.25.1),ncdf4，testthat，老鸨，magrittr，rmarkdown，乘，MALDIquant，pheatmap，光谱(> = 1.1.17),MsBackendMgf，进步，信号
SystemRequirements
增强了	Rgraphviz，rgl，XML
URL	https://github.com/sneumann/xcms
BugReports	https://github.com/sneumann/xcms/issues/new
全靠我	相机，faahKO，flagme，首次公开募股，LOBSTAHS，金属底座，metaMS，ncGTW，proFIA，PtH2O2lipids
进口我	相机，cliqueMS，cosmiq，MAIT，MobilityTransformR，Risa
建议我	CluMSID，msdata，msPurity，mtbls2，RforProteomics，RMassBank
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	xcms_3.19.0.tar.gz
Windows二进制	xcms_3.19.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	xcms_3.19.0.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/xcms
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/xcms
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/xcms/
软件包下载报告	下载数据