xcms

DOI:10.18129 / B9.bioc.xcms

这是发展xcms版本;稳定版请参见xcms

LC-MS和GC-MS数据分析

Bioconductor版本:开发(3.16)

色谱分离和单谱质谱数据的处理和可视化框架。从AIA/ANDI NetCDF、mzXML、mzData和mzML文件导入。对高通量、非目标分析物分析的数据进行预处理。

作者:Colin A. Smith [ctb], Ralf Tautenhahn [ctb], Steffen Neumann [aut, cre],保罗·本顿[ctb],克里斯托弗·康利[ctb],约翰内斯·雷纳[ctb], Michael Witting [ctb], William Kumler [ctb]

维护者:Steffen Neumann

引文(从R内,输入引用(“xcms”)):

安装

要安装这个包,启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("xcms")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“xcms”)

超文本标记语言 R脚本 用xcms对FTICR-MS数据进行分组
超文本标记语言 R脚本 LC-MS特征分组
超文本标记语言 R脚本 LC-MS/MS数据分析xcms
超文本标记语言 R脚本 利用xcms对LCMS数据进行预处理和分析
PDF 参考手册
文本 新闻
文本 许可证

细节

biocViews ImmunoOncologyMassSpectrometry代谢组学软件
版本 3.19.0
在Bioconductor BioC 1.6 (R-2.1)或更早(> 17年)
许可证 GPL(>= 2) +文件许可证
取决于 R (>= 4.0.0),BiocParallel(> = 1.8.0),MSnbase(> = 2.21.4)
进口 mzR(>= 2.25.3),方法,BiobaseBiocGenericsProtGenerics(> = 1.25.1),晶格RColorBrewerplyrRANNMassSpecWavelet(> = 1.5.2),S4VectorsrobustbaseIRangesSummarizedExperimentMsCoreUtilsMsFeatures
链接
建议 BiocStylecaToolsknitr(> = 1.1.0版),faahKOmsdata(> = 0.25.1),ncdf4testthat老鸨magrittrrmarkdownMALDIquantpheatmap光谱(> = 1.1.17),MsBackendMgf进步信号
SystemRequirements
增强了 RgraphvizrglXML
URL https://github.com/sneumann/xcms
BugReports https://github.com/sneumann/xcms/issues/new
全靠我 相机faahKOflagme首次公开募股LOBSTAHS金属底座metaMSncGTWproFIAPtH2O2lipids
进口我 相机cliqueMScosmiqMAITMobilityTransformRRisa
建议我 CluMSIDmsdatamsPuritymtbls2RforProteomicsRMassBank
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 xcms_3.19.0.tar.gz
Windows二进制 xcms_3.19.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra) xcms_3.19.0.tgz
源库 Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/xcms
源存储库(开发人员访问) Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/xcms
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/xcms/
软件包下载报告 下载数据

文档»

Bioconductor

R/凹口包和文档

支持»

请细阅发布指南.将有关Bioconductor的问题发送到以下位置之一:

  • 支持网站-询问有关Bioconductor封装的问题
  • 正常词 邮件列表——供包开发人员使用bob电竞体育官网