wppi

DOI:10.18129 / B9.bioc.wppi

这是发展wppi版本;稳定的发布版本,请参阅wppi。

加权蛋白质-蛋白质之间的关系

Bioconductor版本:发展(3.18)

蛋白质相互作用数据组学数据分析和建模至关重要。数据库知识一般,没有特定的细胞类型、生理条件或任何其他上下文确定哪些连接功能和信号。基因功能注释等本体和人类表型本体可能有助于评估交互作用的相关性。这个包基于功能注释的蛋白质相互作用预测功能相关性如人类蛋白质基因本体和本体,和重视基因网络拓扑结构的基础上,功能分数和路径搜索算法。

作者:安娜Galhoz (cre, aut),窝Turei (aut)迈克尔·p·Menden (aut)艾伯特Krewinkel[施,cph] (pagebreak Lua过滤器)

维护人员:安娜Galhoz <安娜。在helmholtz-muenchen.de galhoz >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“wppi”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“wppi”)

HTML	R脚本	WPPI工作流
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	注释,GeneSignaling,GeneTarget,GraphAndNetwork,网络,通路,软件,SystemsBiology,转录组
版本	1.9.0
Bioconductor自	BioC 3.13 (r - 4.1)(2年)
许可证	麻省理工学院+文件许可证
取决于	R (> = 4.1)
进口	dplyr igraph,记录器,方法、magrittr矩阵,OmnipathR(> = 2.99.8)、进步、purrr rlang, RCurl,统计,宠物猫,tidyr
链接
建议	knitr、testthat rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/AnaGalhoz37/wppi
BugReports	https://github.com/AnaGalhoz37/wppi/issues
取决于我
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	wppi_1.9.0.tar.gz
Windows二进制	wppi_1.9.0.zip
macOS二进制(x86_64)	wppi_1.9.0.tgz
macOS二进制(arm64)	wppi_1.9.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/wppi
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ wppi
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/wppi/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/wppi/
包下载报告	下载数据