WigglePlotr

doi:10.18129/b9.bioc.wiggleplotr

这是发展WigglePlotr的版本;对于稳定版本,请参阅WigglePlotr

从Bigwig文件中读取覆盖范围

生物导体版本:开发(3.16)

可视化测序实验的读取覆盖范围以及基因组注释(基因,转录本,峰)的工具。长转录本的内含子可以重新缩放至固定长度,以更好地可视化外显子读覆盖范围。

作者:Kaur Alasoo [AUT,CRE]

维护者:gmail.com上的Kaur Alasoo

引用(从r内,输入引用(“ WigglePlotr”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“ 4.2”)并输入:

if(!quired(“ Biocmanager”,悄悄= true))install.packages(“ Biocmanager”)#以下初始化Bioc Devel Biocmanager :: install(version ='devel')biocmanager :: install(“ wiggleplotr”)

对于R的较旧版本,请参考适当的生物导体释放

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档,请启动R并输入:

browsevignettes(“ wiggleplotr”)

html R脚本 WigglePlotr简介
PDF 参考手册
文本 消息

细节

生物浏览 替代方案,,,,chipseq,,,,覆盖范围,,,,基因表达,,,,免疫学,,,,rnaseq,,,,测序,,,,软件,,,,转录,,,,可视化
版本 1.21.0
在生物导体中 Bioc 3.5(R-3.4)(5年)
执照 Apache许可证2.0
要看 R(> = 3.6)
进口 dplyr,,,,GGPLOT2(> = 2.2.0),基因组机,,,,rtracklayer,,,,牛仔图,,,,断言,,,,purrr,,,,S4VECTORS,,,,iranges,,,,GenomeInfodB
链接
建议 尼特,,,,rmarkDown,,,,Biomart,,,,GenomicFeatures,,,,测试,,,,Ensembldb,ensdb.hsapiens.v86,org.hs.eg.db,txdb.hsapiens.ucsc.hg38.nowngene,AnnotationDbi,,,,AnnotationFilter
系统要求
增强
URL
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包 wigglePlotr_1.21.0.tar.gz
Windows二进制 wigglePlotr_1.21.0.zip
MacOS 10.13(高山脉) wigglePlotr_1.21.0.tgz
源存储库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/wiggleplotr
源存储库(开发人员访问) git clone git@git.bioconductor.org:packages/wiggleplotr
包装短URL //www.anjoumacpherson.com/packages/wiggleplotr/
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