波兰人

DOI：10.18129 / b9.bioc.wavcluster.

这是发展波条的版本;对于稳定的版本版本，请参阅波兰人。

在PAR-夹数据中的RNA蛋白质相互作用位点的敏感和高度解决的鉴定

Bioconducts版本：开发（3.14）

该软件包提供了一个集成管道，用于分析PAR-剪辑数据。首先通过非参数化混合物模型将PAR-Clip-诱导的转变从测序误差，SNP和附加的非实验源区进行鉴别。然后在高分辨率下解决蛋白质结合位点（簇），并且使用严格的贝叶斯框架估计簇统计。结果后处理，提供了UCSC基因组浏览器可视化和图案搜索分析的数据导出。此外，包允许集成RNA-SEQ数据以估计群集检测的错误发现率。关键功能支持并行多核计算。注意：虽然Wavcluster设计用于PAR-Clip数据分析，但它可以应用于从诱导核苷酸取代的实验程序获得的其他NGS数据的分析（例如BISSEQ）。

作者：Federico Comoglio和CEM Sievers

维护者：Federico Comoglio

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“4.1”）并输入：

if（！perceneNameSpace（“BiocManager”，静静= True））install.packages（“biocmanager”）＃以下初始化Buoc Devel Biocmanager :: Install（版本='devel'）BiocManager :: Install（“WavCluster”）

对于旧版本，请参阅相应的生物导体释放。

文件

要查看系统中安装此包版本的文档，请启动r并输入：

BROWSEVIGNETTES（“WAVCLUSTER”）

HTML.	r script.	WavCluster：用于PAR-Clip数据分析的工作流程
PDF.		参考手册
文本		消息

细节

Biocviews.	贝叶斯那免疫学那RIPSEQ.那rnaseq.那测序那软件那技术
版本	2.27.0
在生物导体中以来	BIOC 3.0（R-3.1）（6.5岁）
执照	GPL-2
依靠	r（> = 3.2），Genomicranges.（> = 1.31.8），RSAMTOOLS.
进口	方法，生物根系那S4Vectors.（> = 0.17.25），绞喉（> = 2.13.12），生物仪器（> = 2.47.6），Foreach.那基因组法（> = 1.31.3），ggplot2.那HMISC.那蒙链那rtracklayer.（> = 1.39.7），Seqinr.那stringr.
链接到
建议	生物焦那kn那RAMAMAMDOW.，bsgenome.hsapiens.ucsc.hg19
系统要求
加强	domc.
URL.
取决于我
进口我
建议我
链接给我
建立报告

包档案包

跟随bob 体育网址 在r会话中使用此包的说明。

源包	wavcluster_2.27.0.tar.gz.
Windows二进制文件
Macos 10.13（高塞拉）	wavcluster_2.27.0.tgz.
源存储库	git clone https://git.biocumon.org/packages/wavcluster.
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.biocondion.org：包/波条
包短网址	https://biocumon.org/packages/wavcluster/
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