西瓜

DOI:10.18129 / B9.bioc.wateRmelon

这是发展版本的西瓜;稳定的发布版本,请参阅西瓜。

Illumina公司450年史诗甲基化数组正常化和指标

Bioconductor版本:发展(3.17)

15口味的贝塔和三个性能指标,与方法对象由methylumi minfi包。

作者:狮子座C Schalkwyk (cre, aut),泰勒J Gorrie-Stone (aut),露丝Pidsley (aut),克洛伊黄CY (aut),尼Touleimat(施),马修Defrance[所有],安德鲁Teschendorff[所有],Jovana Maksimovic[所有],路易Y埃尔科(施),海盐县王(施)

维护人员:狮子座C Schalkwyk < lschal在essex.ac.uk >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“西瓜”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes(“西瓜”)

HTML	R脚本	西瓜用户指南
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DNAMethylation,微阵列,预处理,质量控制,软件,TwoChannel
版本	2.5.0
Bioconductor自	BioC 2.12 (r - 3.0)(10年)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 3.5.0),Biobase,limma、方法、matrixStats,methylumi,光民,中华民国,IlluminaHumanMethylation450kanno.ilmn12.hg19,illuminaio
进口	Biobase
链接
建议	RPMM,IlluminaHumanMethylationEPICanno.ilm10b2.hg19,BiocStyle,knitr,rmarkdown,IlluminaHumanMethylationEPICmanifest,irlba,FlowSorted.Blood.EPIC,FlowSorted.Blood.450k,preprocessCore
SystemRequirements
增强了	minfi
URL
取决于我	bigmelon,skewr
进口我	冠军,肉
建议我	RnBeads
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	wateRmelon_2.5.0.tar.gz
Windows二进制	wateRmelon_2.5.0.zip
macOS二进制(x86_64)	wateRmelon_2.5.0.tgz
macOS二进制(arm64)	wateRmelon_2.5.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/wateRmelon
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/西瓜
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/wateRmelon/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/wateRmelon/
包下载报告	下载数据