vsn

DOI:10.18129 / B9.bioc.vsn

这是发展vsn版本;稳定的发布版本,请参阅vsn。

微阵列数据的方差稳定化和校准

Bioconductor版本:发展(3.16)

包实现正常化芯片强度的方法单一,多种颜色数组。它也可以用于其他技术数据,只要他们有类似的格式。最大似然估计量的方法使用一个健壮的变体additive-multiplicative误差模型和仿射校正。模型包含数据校准步骤(又名归一化),一个模型的依赖强度均值和方差方差稳定数据转换。差异转化强度类似于“log-ratios正常化”。然而,与后者相比,他们的方差是独立的意思是,他们通常更敏感和具体检测微分转录。

作者:沃尔夫冈•休伯从安雅•冯•Heydebreck与贡献。许多用户的评论和建议都承认,其中丹尼斯Kostka,大卫•Kreil汉斯克莱因,罗伯特先生,Deepayan Sarkar和戈登·史密斯

维修工:沃尔夫冈·胡贝尔<沃尔夫冈。胡贝尔在embl.org >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“vsn”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“vsn”)

HTML	R脚本	介绍vsn (HTML版本)
PDF	R脚本	可能性计算vsn
PDF		与模拟数据验证和评估性能
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	微阵列,OneChannel,预处理,软件,TwoChannel
版本	3.65.0
Bioconductor自	BioC 1.6 (r - 2.1)或更早(> 17年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R(> = 4.0.0)、方法Biobase
进口	affy,limma,晶格,ggplot2
链接
建议	affydata,hgu95av2cdf,BiocStyle,knitr,rmarkdown,dplyr,testthat
SystemRequirements
增强了
URL	http://www.r-project.orghttp://www.ebi.ac.uk/huber
取决于我	cellHTS2,protGear,rnaseqGene,webbioc
进口我	arrayQualityMetrics,bnem,coexnet,部,Doscheda,ExpressionNormalizationWorkflow,imageHTS,MatrixQCvis,metaseqR2,MSnbase,NormalyzerDE,pvca,林格,tilingArray
建议我	adSplit,beadarray,DAPAR,DESeq2,雌激素,flowVS,ggbio,GlobalAncova,globaltest,limma,光民,MsCoreUtils,PAA,QFeatures,qmtools,scp,《暮光之城》
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	vsn_3.65.0.tar.gz
Windows二进制	vsn_3.65.0.zip
macOS 10.13(高山脉)	vsn_3.65.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/vsn
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ vsn
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/vsn/
包下载报告	下载数据