vissE

DOI:10.18129 / B9.bioc.vissE

这是发展vissE版本;稳定版请参见vissE．

可视化集富集分析结果

Bioconductor版本:开发(3.17)

该软件包能够使用基于网络和文本挖掘的方法对基因集富集分析的结果进行解释和分析。大多数富集分析的结果是大量难以解释的重要基因集。该软件包中的工具有助于从基因集富集分析中构建基于相似性的重要基因集网络，然后可以使用文本挖掘方法对其生物学功能进行调查。

作者:Dharmesh D. Bhuva [aut, cre]，艾哈迈德·穆罕默德[ctb]

维护者:Dharmesh D. Bhuva < Bhuva。D at wehi.edu.au>

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.3”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("vissE")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“vissE”)

超文本标记语言	R脚本	vissE
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	GeneExpression，GeneSetEnrichment，网络，NetworkEnrichment，软件
版本	1.7.0
在Bioconductor	BioC 3.13 (R-4.1)(2年)
许可证	GPL-3
取决于	R (>= 4.1)
进口	igraph、方法、plyr，ggplot2，scico，RColorBrewer，tm，ggwordcloud，GSEABase，reshape2grDevices,ggforce，msigdb，ggrepel，textstem，tidygraph统计数据,尺度，ggraph
链接
建议	testthat，org.Hs.eg.db，org.Mm.eg.db，拼接而成，singscore，knitr，rmarkdown，prettydoc，BiocStyle，pkgdown，covr
SystemRequirements
增强了
URL	https://davislaboratory.github.io/vissE
BugReports	https://github.com/DavisLaboratory/vissE/issues
全靠我
进口我
建议我	msigdb
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	vissE_1.7.0.tar.gz
Windows二进制	vissE_1.7.0.zip(64位)
macOS二进制文件(x86_64)	vissE_1.7.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	vissE_1.7.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/vissE
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/vissE
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/vissE/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/vissE/
软件包下载报告	下载数据