vidger

DOI:10.18129 / B9.bioc.vidger

这是发展vidger版本;稳定版请参见vidger．

在R中创建RNAseq数据的快速可视化

Bioconductor版本:开发(3.17)

vidger的目的是快速生成信息丰富的可视化，用于从三个广泛使用的工具(Cuffdiff, DESeq2和edgeR)解释差异基因表达结果。

作者:Brandon Monier [aut, cre]， Adam McDermaid [aut]， Jing Zhao [aut]， Qin Ma [aut, fnd]

维护者:Brandon Monier < Brandon。Monier在gmail.com>

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.3”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("vidger")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“vidger”)

超文本标记语言	R脚本	用ViDGER可视化RNA-seq数据
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	DifferentialExpression，GeneExpression，ImmunoOncology，RNASeq，软件，可视化
版本	1.19.0
在Bioconductor	BioC 3.7 (R-3.5)(4.5年)
许可证	GPL-3 |文件许可证
取决于	R (>= 3.5)
进口	Biobase，DESeq2，刨边机，GGally，ggplot2，ggrepel，knitr，RColorBrewer，rmarkdown，尺度统计数据,SummarizedExperiment，tidyr,跑龙套
链接
建议	BiocStyle，testthat
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/btmonier/vidger//www.anjoumacpherson.com/packages/release/bioc/html/vidger.html
BugReports	https://github.com/btmonier/vidger/issues
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	vidger_1.19.0.tar.gz
Windows二进制	vidger_1.19.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	vidger_1.19.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	vidger_1.19.0.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/vidger
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/vidger
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/vidger/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/vidger/
软件包下载报告	下载数据