伶盗龙

DOI:10.18129 / B9.bioc.velociraptor

这是发展迅猛龙的版本;稳定版请参见伶盗龙．

单细胞速度工具包

Bioconductor版本:开发(3.14)

该包提供了生物导体友好的包装，用于单细胞RNA-seq数据中的RNA速度计算。我们使用basilisk包来管理Conda环境，使用zellkonverter包在singlecel实验(R)和AnnData (Python)之间转换数据结构。速度方法产生的信息存储在singlecelexperimental类的各个组件中。

作者:Kevin Rue-Albrecht [aut, cre]， Aaron Lun [aut]，夏洛特·森森[au]，迈克尔·施塔德勒[作者]

维护者:Kevin Rue-Albrecht

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("velociraptor")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“迅猛龙”)

超文本标记语言	R脚本	用户指南
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	报道，GeneExpression，测序，SingleCell，软件
版本	1.3.0
在Bioconductor	BioC 3.12 (R-4.0)(0.5年)
许可证	MIT +文件许可证
取决于	SummarizedExperiment
进口	方法、统计数据矩阵，BiocGenerics，网状，S4Vectors，DelayedArray，蛇怪，zellkonverter，天窗，SingleCellExperiment，BiocParallel，BiocSingular
链接
建议	BiocStyle，testthat，knitr，rmarkdown，pkgdown，食物，嘘，scRNAseq，Rtsne，图形，grDevices，ggplot2，cowplot，GGally，拼接而成，metR
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/kevinrue/velociraptor
BugReports	https://github.com/kevinrue/velociraptor/issues
全靠我	OSCA.advanced
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	velociraptor_1.3.0.tar.gz
Windows二进制	velociraptor_1.3.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	velociraptor_1.3.0.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/velociraptor
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/velociraptor
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/velociraptor/
软件包下载报告	下载数据