伶盗龙

DOI:10.18129 / B9.bioc.velociraptor

这是发展迅猛龙的版本;稳定版请参见伶盗龙

单细胞速度工具包

Bioconductor版本:开发(3.14)

该包提供了生物导体友好的包装,用于单细胞RNA-seq数据中的RNA速度计算。我们使用basilisk包来管理Conda环境,使用zellkonverter包在singlecel实验(R)和AnnData (Python)之间转换数据结构。速度方法产生的信息存储在singlecelexperimental类的各个组件中。

作者:Kevin Rue-Albrecht [aut, cre], Aaron Lun [aut],夏洛特·森森[au],迈克尔·施塔德勒[作者]

维护者:Kevin Rue-Albrecht

引文(从R内,输入引用(“迅猛龙”)):

安装

要安装此包,请启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("velociraptor")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“迅猛龙”)

超文本标记语言 R脚本 用户指南
PDF 参考手册
文本 新闻
文本 许可证

细节

biocViews 报道GeneExpression测序SingleCell软件
版本 1.3.0
在Bioconductor BioC 3.12 (R-4.0)(0.5年)
许可证 MIT +文件许可证
取决于 SummarizedExperiment
进口 方法、统计数据矩阵BiocGenerics网状S4VectorsDelayedArray蛇怪zellkonverter天窗SingleCellExperimentBiocParallelBiocSingular
链接
建议 BiocStyletestthatknitrrmarkdownpkgdown食物scRNAseqRtsne,图形,grDevices,ggplot2cowplotGGally拼接而成metR
SystemRequirements
增强了
URL https://github.com/kevinrue/velociraptor
BugReports https://github.com/kevinrue/velociraptor/issues
全靠我 OSCA.advanced
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 velociraptor_1.3.0.tar.gz
Windows二进制 velociraptor_1.3.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra) velociraptor_1.3.0.tgz
源库 Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/velociraptor
源存储库(开发人员访问) Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/velociraptor
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/velociraptor/
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  • 正常词 邮件列表——供包开发人员使用bob电竞体育官网