universalmotif

DOI:10.18129 / B9.bioc.universalmotif

这是发展普遍主题的版本;稳定版请参见universalmotif．

使用R导入、修改和导出图案

Bioconductor版本:开发(3.16)

允许将最常见的motif类型导入到R中，以供其他Bioconductor motif相关包提供的函数使用。motif可以从其他Bioconductor包定义的各种类导出到大多数主要motif格式。包括一套主题和序列操作和分析功能，包括丰富，比较，p值计算，洗牌，修剪，高阶主题等。

作者:Benjamin Jean-Marie Tremblay [aut, cre]，斯宾塞·奈斯特罗姆[ctb]

维护者:Benjamin Jean-Marie Tremblay < Benjamin。特伦布莱在uwaterloo.ca>

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("universalmotif")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“universalmotif”)

PDF	R脚本	“普遍主题”简介
PDF	R脚本	序列主题介绍
PDF	R脚本	Motif比较和p值
PDF	R脚本	主题导入、导出和操作
PDF	R脚本	序列操作和扫描
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DataImport，GeneRegulation，MotifAnnotation，MotifDiscovery，软件
版本	1.15.2
在Bioconductor	BioC 3.8 (R-3.5)(3.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (>= 3.5.0)
进口	方法，统计，效用，质量，ggplot2，yaml，IRanges，Rcpp，Biostrings，BiocGenerics，S4Vectors，rlang、网格
链接	Rcpp，RcppThread
建议	拼写，knitr，bookdown，TFBSTools，rmarkdown，MotifDb，testthat，BiocParallel，seqLogo，motifStack，dplyr，猿，ggtree，processx，ggseqlogo，cowplot，GenomicRanges，ggbio
SystemRequirements
增强了	PWMEnrich，rGADEM
URL	//www.anjoumacpherson.com/packages/universalmotif/
BugReports	https://github.com/bjmt/universalmotif/issues
全靠我
进口我	circRNAprofiler，模因
建议我	有尖刺的
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	universalmotif_1.15.2.tar.gz
Windows二进制	universalmotif_1.15.2.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	universalmotif_1.15.2.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/universalmotif
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/universalmotif
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/universalmotif/
软件包下载报告	下载数据