universalmotif

DOI:10.18129 / B9.bioc.universalmotif

这是发展普遍主题的版本;稳定版请参见universalmotif

使用R导入、修改和导出图案

Bioconductor版本:开发(3.16)

允许将最常见的motif类型导入到R中,以供其他Bioconductor motif相关包提供的函数使用。motif可以从其他Bioconductor包定义的各种类导出到大多数主要motif格式。包括一套主题和序列操作和分析功能,包括丰富,比较,p值计算,洗牌,修剪,高阶主题等。

作者:Benjamin Jean-Marie Tremblay [aut, cre],斯宾塞·奈斯特罗姆[ctb]

维护者:Benjamin Jean-Marie Tremblay < Benjamin。特伦布莱在uwaterloo.ca>

引文(从R内,输入引用(“universalmotif”)):

安装

要安装这个包,启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("universalmotif")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“universalmotif”)

PDF R脚本 “普遍主题”简介
PDF R脚本 序列主题介绍
PDF R脚本 Motif比较和p值
PDF R脚本 主题导入、导出和操作
PDF R脚本 序列操作和扫描
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews DataImportGeneRegulationMotifAnnotationMotifDiscovery软件
版本 1.15.2
在Bioconductor BioC 3.8 (R-3.5)(3.5年)
许可证 GPL-3
取决于 R (>= 3.5.0)
进口 方法,统计,效用,质量ggplot2yamlIRangesRcppBiostringsBiocGenericsS4Vectorsrlang、网格
链接 RcppRcppThread
建议 拼写knitrbookdownTFBSToolsrmarkdownMotifDbtestthatBiocParallelseqLogomotifStackdplyrggtreeprocessxggseqlogocowplotGenomicRangesggbio
SystemRequirements
增强了 PWMEnrichrGADEM
URL //www.anjoumacpherson.com/packages/universalmotif/
BugReports https://github.com/bjmt/universalmotif/issues
全靠我
进口我 circRNAprofiler模因
建议我 有尖刺的
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 universalmotif_1.15.2.tar.gz
Windows二进制 universalmotif_1.15.2.zip
macOS 10.13 (High Sierra) universalmotif_1.15.2.tgz
源库 Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/universalmotif
源存储库(开发人员访问) Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/universalmotif
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/universalmotif/
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  • 支持网站-询问有关Bioconductor封装的问题
  • 正常词 邮件列表——供包开发人员使用bob电竞体育官网