tximport

DOI:10.18129 / B9.bioc.tximport

这是发展tximport的版本;稳定版请参见tximport．

导入并总结转录水平估计，用于转录水平和基因水平分析

Bioconductor版本:开发(3.17)

导入转录水平丰度，估计计数和转录长度，并总结为矩阵用于下游基因水平分析包。经样本特异性转录丰度估计加权的平均转录长度作为一个矩阵，可用于不同基因水平计数表达的偏移量。

作者:Michael Love [cre,aut]， Charlotte Soneson [aut]， Mark Robinson [aut]， Rob Patro [ctb]， Andrew Parker Morgan [ctb]， Ryan C. Thompson [ctb]， Matt Shirley [ctb]， Avi Srivastava [ctb]

维护者:Michael Love

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.3”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("tximport")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“tximport”)

超文本标记语言	R脚本	使用tximport导入转录丰度数据集
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DataImport，GeneExpression，ImmunoOncology，预处理，RNASeq，软件，转录，转录组
版本	1.27.1
在Bioconductor	BioC 3.3 (R-3.3)(6.5年)
许可证	LGPL (> = 2)
取决于
进口	效用，统计，方法
链接
建议	knitr，rmarkdown，testthat，tximportData，TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene，readr(> = 0.2.2),limma，刨边机，DESeq2(> = 1.11.6),rhdf5，jsonlite，matrixStats，矩阵，eds
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/mikelove/tximport
全靠我
进口我	alevinQC，BgeeCall，EventPointer，IsoformSwitchAnalyzeR，singleCellTK，tximeta
建议我	强盗，DESeq2，HumanTranscriptomeCompendium，SummarizedBenchmark，variancePartition
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	tximport_1.27.1.tar.gz
Windows二进制	tximport_1.27.1.zip
macOS二进制文件(x86_64)	tximport_1.27.1.tgz
macOS二进制文件(arm64)	tximport_1.27.1.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/tximport
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/tximport
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/tximport/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/tximport/
软件包下载报告	下载数据