tximeta

DOI:10.18129 / B9.bioc.tximeta

这是发展tximeta版本;稳定的发布版本,请参阅tximeta。

成绩单量化进口自动元数据

Bioconductor版本:发展(3.16)

成绩单量化从鲑鱼和小鲑鱼进口自动附件的记录范围和发布信息,和其他相关的元数据。新创转录组可以链接到适当的来源与linkedTxomes和共享计算再现性。

迈克尔•爱(aut (cre)作者:夏洛特Soneson (aut,施莱),彼得·希基(aut,施莱),抢劫Patro aut,施莱,NIH NHGRI(曾经),CZI(曾经)

维修工:迈克尔爱< michaelisaiahlove gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“tximeta”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

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HTML	R脚本	成绩单量化进口自动元数据
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文本		新闻

细节

biocViews	注释,DataImport,FunctionalGenomics,GeneExpression,GenomeAnnotation,ImmunoOncology,预处理,RNASeq,ReportWriting,ReproducibleResearch,SingleCell,软件,转录,转录组
版本	1.15.2
Bioconductor自	BioC 3.8 (r - 3.5)(4年)
许可证	GPL-2
取决于
进口	SummarizedExperiment,tximport,jsonlite,S4Vectors,IRanges,GenomicRanges,AnnotationDbi,GenomicFeatures,ensembldb,BiocFileCache,AnnotationHub,Biostrings,宠物猫,GenomeInfoDb、工具、跑龙套、方法矩阵
链接
建议	knitr,rmarkdown,testthat,tximportData,org.Dm.eg.db,DESeq2,鱼池,刨边机,limma,devtools
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/mikelove/tximeta
取决于我	rnaseqGene
进口我	IsoformSwitchAnalyzeR
建议我	DESeq2,鱼池,fluentGenomics
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	tximeta_1.15.2.tar.gz
Windows二进制	tximeta_1.15.2.zip(64位)
macOS 10.13(高山脉)	tximeta_1.15.2.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/tximeta
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ tximeta
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/tximeta/
包下载报告	下载数据