twoddpcr

DOI:10.18129 / B9.bioc.twoddpcr

这是发展twodpcr的版本;稳定版请参见twoddpcr．

对二维液滴数字PCR (ddPCR)数据进行分类，并量化起始分子的数量

Bioconductor版本:开发(3.17)

双PCR包从Bio-Rad的QuantaSoft获取液滴数字PCR (ddPCR)液滴振幅数据，并可以对液滴进行分类。可以生成正/负液滴计数的摘要，然后可以使用泊松分布来估计分子的数量。这是第一个开放源码包，便于一般双通道ddPCR数据的自动分类。之前的工作包括“definetherain”(Jones et al.， 2014)和“ddpcRquant”(Trypsteen et al.， 2015)，它们都只处理一个通道的ddPCR实验。CRAN上提供的“ddpcr”包(Attali等人，2016)只支持对特定类别的双通道ddpcr实验进行自动门控。

作者:Anthony Chiu [aut, cre]

维护者:Anthony Chiu < Anthony at achiu.me>

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.3”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("twoddpcr")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“twoddpcr”)

超文本标记语言	R脚本	twoddpcr:液滴数字PCR分析包
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	分类，软件，ddPCR
版本	1.23.0
在Bioconductor	BioC 3.5 (R-3.4)(6年)
许可证	GPL-3
取决于	R (>= 3.4)
进口	类，ggplot2，hexbin、方法、尺度，闪亮的，统计，utils，RColorBrewer，S4Vectors
链接
建议	devtools，knitr，reshape2，rmarkdown，testthat，BiocStyle
SystemRequirements
增强了
URL	http://github.com/CRUKMI-ComputationalBiology/twoddpcr/
BugReports	http://github.com/CRUKMI-ComputationalBiology/twoddpcr/issues/
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	twoddpcr_1.23.0.tar.gz
Windows二进制	twoddpcr_1.23.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	twoddpcr_1.23.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	twoddpcr_1.23.0.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/twoddpcr
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/ twodpcr
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/twoddpcr/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/twoddpcr/
软件包下载报告	下载数据