ttgsea

DOI:10.18129 / B9.bioc.ttgsea

这是发展ttgsea版本;稳定的发布版本,请参阅ttgsea。

分词文本的基因集富集分析

Bioconductor版本:发展(3.18)

功能富集分析方法如基因集富集分析(GSEA)已被广泛用于分析基因表达数据。GSEA是一种强大的方法来推断结果的基因表达水平的基因数据集通过计算浓缩分数为预定义的基因集。GSEA取决于基因集的可用性和准确性。之间有重叠的基因集或类别,因为多个术语可能存在的一个生物过程,它可以导致冗余在丰富。换句话说,设置相关的术语是重叠的。使用深度学习,这个行囊,目的是预测浓缩分数从文本独特的标记或单词的基因集的名字解决这个重叠设置问题。此外,我们可以通过结合令牌和硬币一个新词发现铀浓缩的分数通过预测这样一个令牌相结合。

作者:Dongmin荣格(cre, aut)

维护人员:Dongmin荣格< dmdmjung gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“ttgsea”)

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文档

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browseVignettes (“ttgsea”)

HTML	R脚本	ttgsea
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	GeneExpression,GeneSetEnrichment,软件
版本	1.9.0
Bioconductor自	BioC 3.13 (r - 4.1)(2年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	keras
进口	tm、text2vec分词器、textstem stopwords,数据。表、purrr图,统计数据
链接
建议	fgsearmarkdown knitr testthat,网状
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我	DeepPINCS,GenProSeq
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	ttgsea_1.9.0.tar.gz
Windows二进制	ttgsea_1.9.0.zip
macOS二进制(x86_64)	ttgsea_1.9.0.tgz
macOS二进制(arm64)	ttgsea_1.9.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ttgsea
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ ttgsea
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/ttgsea/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/ttgsea/
包下载报告	下载数据