tripr

DOI:10.18129 / B9.bioc.tripr

这是发展tripr版本;稳定的发布版本,请参阅tripr。

t细胞受体/免疫球蛋白分析器(旅行)

Bioconductor版本:发展(3.18)

旅行是一个软件框架,它提供分析服务抗原受体(B细胞受体免疫球蛋白,BcR搞笑| T细胞受体,TR)基因序列数据。这是一个web应用程序编写的R闪亮。需要的输入输出文件IMGT / HighV-Quest工具。用户可以选择从每个输入样本的分析数据分别或合并后的数据文件从所有样品和相应的可视化结果。

作者:玛丽亚Th。Kotouza (aut) (Katerina Gemenetzi (aut) Chrysi Galigalidou (aut) Elisavet Vlachonikola (aut) Nikolaos Pechlivanis (cre),安德烈亚斯Agathangelidis (aut),拉斐尔Sandaltzopoulos (aut),伯里克利a Mitkas (aut),考斯塔斯Stamatopoulos (aut),阿纳斯塔西娅Chatzidimitriou (aut) Fotis大肠Psomopoulos (aut) Iason Ofeidis (aut),阿斯帕西娅Orfanou (aut)

维护人员:Nikolaos Pechlivanis < inab。生物信息学在lists.certh.gr >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“tripr”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“tripr”)

HTML	R脚本	tripr用户指南
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	BatchEffect,GeneExpression,ImmunoOncology,MultipleComparison,软件,TargetedResequencing
版本	1.7.0
Bioconductor自	BioC 3.14 (r - 4.1)(1.5年)
许可证	麻省理工学院+文件许可证
取决于	闪亮的(> = 1.6.0)shinyBS
进口	shinyjs、shinyFiles plyr,数据。表,DT, stringr stringdist、plot3D gridExtra, RColorBrewer,阴谋,dplyr,配置(> = 0.3.1),机器人(> = 0.3.1)方法,grDevices,图形、属性、跑龙套
链接
建议	BiocGenerics,tidyverse shinycssloaders BiocManager,Biostringsxtable rlist,motifStack,rmarkdown knitr testthat (> = 3.0.0), fs,BiocStyleRefManageR,biocthis,pryr
SystemRequirements
增强了	平行
URL	https://github.com/BiodataAnalysisGroup/tripr
BugReports	https://github.com/BiodataAnalysisGroup/tripr/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	tripr_1.7.0.tar.gz
Windows二进制	tripr_1.7.0.zip
macOS二进制(x86_64)	tripr_1.7.0.tgz
macOS二进制(arm64)	tripr_1.7.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/tripr
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ tripr
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/tripr/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/tripr/
包下载报告	下载数据