三人组

DOI:10.18129 / B9.bioc.trio

这是发展三重奏版本;稳定版请参见三人组．

个案-亲本研究中SNP和SNP相互作用的检测

Bioconductor版本:开发(3.17)

检测SNP和SNP与基因型TDT的相互作用。该软件包还包含计算LD测量值的成对值和识别LD块的函数，以及为病例-亲本三组建立匹配的病例伪对照基因型数据以运行三元逻辑回归的函数，用于在三元组中估算缺失基因型，用于模拟依赖SNP相互作用的疾病风险的病例-亲本三组，以及用于三元组数据的功率和样本量计算的函数。

作者:Holger Schwender, Qing Li, Philipp Berger, Christoph Neumann, Margaret Taub, Ingo Ruczinski

维护者:Holger Schwender < Holger。SCHW在gmx.de>

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.3”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("trio")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“三”)

PDF	R脚本	三元逻辑回归和基因型TDT
PDF		参考手册

细节

biocViews	GeneticVariability，遗传学，微阵列，单核苷酸多态性，软件
版本	3.37.0
在Bioconductor	BioC 2.13 (R-3.0)(9.5年)
许可证	LGPL-2
取决于	R (>= 3.0.1)
进口	grDevices，图形，方法，统计，生存跑龙套,siggenes，LogicReg(> = 1.6.1)
链接
建议	haplo.stats，mcbiopi样条函数,logicFS(> = 1.28.1),KernSmooth，VariantAnnotation
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	trio_3.37.0.tar.gz
Windows二进制	trio_3.37.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	trio_3.37.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	trio_3.37.0.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/trio
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/trio
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/trio/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/trio/
软件包下载报告	下载数据