treekoR

DOI:10.18129 / B9.bioc.treekoR

这是发展treekoR版本;稳定的发布版本,请参阅treekoR。

血细胞计数集群层次和Cellular-to-phenotype协会

Bioconductor版本:发展(3.17)

treekoR是一个小说的框架,旨在利用单细胞血细胞计数数据的层次自然找健壮和解释的细胞子集之间的关联和患者临床终点。这些协会旨在概括嵌套在工作流比例普遍inovlving手动控制,经常被忽视的工作流使用自动聚类识别细胞群。我们开发了treekoR:派生细胞集群的层次树结构;量化一个细胞类型的比例相对于所有的细胞样本总数(%),人口比例相对于父父母(%);执行意义测试使用比例计算;并提供一个交互式的html帮助突出关键结果可视化。

作者:亚当·陈(aut (cre),埃利斯帕特里克(施)

维护人员:亚当陈< adam.s。陈在sydney.edu.au >

安装

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如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“treekoR”)

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文档

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HTML	R脚本	装饰图案
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文本		新闻

细节

biocViews	聚类,DifferentialExpression,FlowCytometry,ImmunoOncology,MassSpectrometry,SingleCell,软件,StatisticalMethod,可视化
版本	1.7.0
Bioconductor自	BioC 3.13 (r - 4.1)(1.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 4.1)
进口	属性,跑龙套,tidyr,dplyr,data.table,ggiraph,ggplot2,hopach,猿,ggtree,拼接而成,SingleCellExperiment,diffcyt,刨边机,lme4,multcomp
链接
建议	knitr,rmarkdown,BiocStyle,催化剂,testthat(> = 3.0.0)
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	treekoR_1.7.0.tar.gz
Windows二进制	treekoR_1.7.0.zip
macOS二进制(x86_64)	treekoR_1.7.0.tgz
macOS二进制(arm64)	treekoR_1.7.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/treekoR
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ treekoR
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/treekoR/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/treekoR/
包下载报告	下载数据