treeio

DOI:10.18129 / B9.bioc.treeio

这是发展treeio版本;稳定的发布版本,请参阅treeio。

基类和函数的系统发育树的输入和输出

Bioconductor版本:发展(3.18)

“treeio”是一个R包,让它更容易导入并存储系统树与相关数据;和链接外部数据来自不同来源的发展史。它还支持导出系统树与树相关的异构数据到一个文件,可以作为一个平台合并树相关数据和转换文件格式。

作者:Guangchuang Yu (aut (cre),汤米Tsan-Yuk林施,解说,Shuangbin徐(施)琼斯,布拉德利(施),凯西邓恩(施),泰勒布拉德利(施)康斯坦凝胶(施)

维护人员:Guangchuang于< guangchuangyu gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“treeio”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“treeio”)

HTML	R脚本	treeio
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	对齐,注释,聚类,DataImport,DataRepresentation,MultipleSequenceAlignment,系统发生学,软件
版本	1.25.0
Bioconductor自	BioC 3.5 (r - 3.4)(6年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 3.6.0)
进口	猿,dplyr、jsonlite magrittr、方法rlang,宠物猫,tidytree(> = 0.3.9),跑龙套,cli
链接
建议	Biostringsggplot2,ggtree,knitr igraph rmarkdown、phangorn prettydoc, testthat, tidyr,发呜呜声,xml2, purrr yaml
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/YuLab-SMU/treeio(猛击)https://docs.ropensci.org/treeio/(文档)https://www.amazon.com/Integration-Manipulation-Visualization-Phylogenetic-Computational-ebook/dp/B0B5NLZR1Z/(书)https://doi.org/10.1093/molbev/msz240(纸)
BugReports	https://github.com/YuLab-SMU/treeio/issues
取决于我
进口我	ggtree,MicrobiotaProcess,TreeSummarizedExperiment
建议我	enrichplot,ggtreeDendro,ggtreeExtra,rfaRm
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	treeio_1.25.0.tar.gz
Windows二进制	treeio_1.25.0.zip
macOS二进制(x86_64)
macOS二进制(arm64)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/treeio
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ treeio
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/treeio/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/treeio/
包下载报告	下载数据