- 家
- Bioconductor 3.18
- 软件包
- traviz(开发版)
traviz
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DOI:10.18129 / B9.bioc.traviz
这是发展traviz版本;稳定的发布版本,请参阅traviz。
轨迹函数可视化和解释。
Bioconductor版本:发展(3.18)
traviz提供一套功能绘制轨迹相关对象从Bioconductor包。它允许绘制轨迹在降低维度,以及averge基因表达流畅拟时间的函数。旁白从通用效用函数,traviz还允许绘制轨迹估计弹弓,以及由tradeSeq平滑估计。此外,它允许使用ggplot2弹弓轨迹的可视化。
作者:赫克托耳Roux de Bezieux aut,施莱,凯利街(aut,施莱),柯恩Van den Berge (aut (cre)
维修工:柯恩Van den Berge <柯恩。在gmail.com vdberge >
从内部引用(R,回车引用(“traviz”)):
安装
安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:
如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“traviz”)
R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。
文档
查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:
browseVignettes (“traviz”)
| HTML | R脚本 | ggplot2 +弹弓 |
| HTML | R脚本 | traviz |
| 参考手册 |
细节
| biocViews | GeneExpression,RNASeq,测序,SingleCell,软件,转录组,可视化 |
| 版本 | 1.7.0 |
| Bioconductor自 | BioC 3.14 (r - 4.1)(1.5年) |
| 许可证 | 麻省理工学院+文件许可 |
| 取决于 | R (> = 4.0) |
| 进口 | ggplot2、viridis mgcv,SingleCellExperiment,弹弓princurve,Biobase、方法、RColorBrewerSummarizedExperiment,图形grDevices rgl |
| 链接 | |
| 建议 | 嘘、dplyr testthat (> = 3.0.0), covr,S4Vectors、rmarkdown knitr |
| SystemRequirements | |
| 增强了 | |
| URL | |
| 取决于我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 我的链接 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。
| 源包 | traviz_1.7.0.tar.gz |
| Windows二进制 | traviz_1.7.0.zip |
| macOS二进制(x86_64) | traviz_1.7.0.tgz |
| macOS二进制(arm64) | traviz_1.7.0.tgz |
| 源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/traviz |
| 源库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:包/ traviz |
| Bioc包浏览器 | https://code.bioconductor.org/browse/traviz/ |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/traviz/ |
| 包下载报告 | 下载数据 |
