transomics2cytoscape

DOI:10.18129 / B9.bioc.transomics2cytoscape

这是发展transsomics2cytoscape的版本;稳定版请参见transomics2cytoscape．

一个工具集三维Trans-Omic网络可视化与Cytoscape

Bioconductor版本:开发(3.17)

transomics2cytoscape通过提供指定多个KEGG路径层的id、它们对应的z轴高度以及表示路径层之间边缘的输入来生成一个用于三维跨体可视化的文件。例如，边被用来描述一条通路上的激酶和另一条通路上的酶之间的关系。这个包使用Cytoscape automation (https://doi.org/10.1186/s13059-019-1758-4)自动创建一个跨网络，如图Yugi.2014 (https://doi.org/10.1016/j.celrep.2014.07.021)中的图所示。

作者:Kozo Nishida [aut, cre]， yuki Yugi [aut]

维护者:Kozo Nishida < Kozo。在gmail.com>

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.3”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("transomics2cytoscape")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“transomics2cytoscape”)

超文本标记语言	R脚本	transomics2cytoscape
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DataImport，KEGG，网络，通路，软件
版本	1.9.0
在Bioconductor	BioC 3.12 (R-4.0)(2年)
许可证	艺术- 2.0
取决于
进口	RCy3，KEGGREST，dplyr，purrr，宠物猫
链接
建议	testthat，roxygen2，knitr，BiocStyle，rmarkdown
SystemRequirements	胞膜>= 3.9.1
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	transomics2cytoscape_1.9.0.tar.gz
Windows二进制	transomics2cytoscape_1.9.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	transomics2cytoscape_1.9.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	transomics2cytoscape_1.9.0.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/transomics2cytoscape
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/transomics2cytoscape
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/transomics2cytoscape/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/transomics2cytoscape/
软件包下载报告	下载数据