transcriptr

doi：10.18129/b9.bioc.transcriptr

这是发展版本的transcriptr;对于稳定版本，请参阅transcriptr。

基于芯片和RNA-seq的集成工具检测和定量

生物导体版本：开发（3.16）

测序的RNA类型的差异会影响所得的测序曲线。mRNA-SEQ数据富含来自外显子的读数，而GRO-，NucRNA和ChrRNA-Seq则表现出对外显子和内含子区域的更广泛覆盖率。在Gro-Seq类型的数据类型中存在内含子读取，使其可以使用它来计算识别和量化所有从头上分布的转录区域的所有从基因组分布的连续区域。然而，与mRNA-seq相比，这种类型的数据解释更具挑战性和较不常见的实践。主要转录检测的挑战之一是涉及紧密间隔基因的同时转录，该转录需要正确分为单独转录的单元。R封装TransCriptr将RNA-SEQ数据与组蛋白修饰的芯片隔离数据结合在一起，这些数据标记了主动转录起始位点（TSSS），例如H3K4ME3或H3K9/14AC，以克服这一挑战。这种方法比基因注释的使用的优点在于，这种方法是数据驱动的，因此也能够处理新颖和案例的事件。此外，芯片和RNA-seq数据的整合允许在给定样品中识别所有已知和新颖的活性转录起始位点。

作者：Amen R. Karapetyan

维护者：Armen R. Karapetyan

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.2”）并输入：

if（！quired（“ Biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ Biocmanager”）＃以下初始化Bioc Devel Biocmanager :: install（version ='devel'）biocmanager :: install（“ transcriptr”）的用法

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

browsevignettes（“ transcriptr”）

html	R脚本	transcriptr：基于芯片和RNA-seq的主要转录本检测和定量的集成工具
PDF		参考手册
文本		消息

细节

生物浏览	覆盖范围，，，，免疫学，，，，rnaseq，，，，测序，，，，软件，，，，转录
版本	1.25.0
在生物导体中	Bioc 3.3（R-3.3）（6。5年）
执照	GPL-3
要看	R（> = 3.5.0），方法
进口	生物基因，，，，商在，，，，chipseq，，，，E1071，，，，基因组签名，，，，基因组机，，，，GenomicFeatures，，，，GenomeInfodB，，，，GGPLOT2，图形，grdevices，iranges（> = 2.11.15），Proc，，，，RESHAPE2，，，，rsamtools，，，，rtracklayer，，，，S4VECTORS，统计，utils
链接
建议	生物使用，，，，尼特，，，，rmarkDown，，，，txdb.hsapiens.ucsc.hg19，，，，测试
系统要求
增强
URL
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	transcriptr_1.25.0.tar.gz
Windows二进制	transcriptr_1.25.0.zip
MacOS 10.13（高山脉）	transcriptr_1.25.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/transcriptr
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/transcriptr
包装短URL	//www.anjoumacpherson.com/packages/transcriptr/
软件包下载报告	下载统计