TRADESEQ.

DOI：10.18129 / b9.bioc.tradeseq.

这是发展版本的TradeSeq;对于稳定的版本版本，请参阅TRADESEQ.。

用于测序数据的基于轨迹的差异表达分析

Bioconductor版本：开发（3.13）

TRADESEQ提供了一种灵活的方法，用于拟合回归模型，该模型可用于找到轨道中沿一个或多个谱系差别表达的基因。根据拟合型号，它使用适合回答不同兴趣问题的各种测试，例如，发现表达的基因与假偶数有关，或者沿着轨迹差异地表达（在特定区域中）。它适用于每个基因的负二射广义添加剂模型（GAM），并对GAM的参数进行推断。

作者：Koen Van De Berge [Aut]，Hector Roux de Bezieux [Aut，Cre]，Kelly Street [CTB]，Lieven Clement [Aut，CTB]，Sandrine Dudoit [CTB]

维护者：Hector Roux de Bezieux

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“4.1”）并输入：

if（！quancamespace（“biocmanager”，静静= true））install.packages（“biocmanager”）＃以下初始化Buoc Devel Biocmanager :: Install（版本='devel'）BiocManager ::安装（“TradeSeq”）

对于旧版本，请参阅相应的生物导体释放。

文件

要查看系统中安装此包版本的文档，请启动r并输入：

BROWSEVIGNETTES（“TRADESEQ”）

HTML.		跨条件的差异表达
HTML.	r script.	单片+ TradeSeq.
HTML.	r script.	有关使用Fitgam的更多详细信息
HTML.	r script.	TradeSeq工作流程
PDF.		参考手册
文本		消息
文本		执照

细节

Biocviews.	聚类那不同的亚兴那基因表达那多匹匹莫森那rnaseq.那回归那测序那SingleCell.那软件那时间课程那转录组学那可视化
版本	1.5.11
在生物导体中以来	BIOC 3.10（R-3.6）（1.5年）
执照	mit +文件执照
依靠	r（> = 3.6）
进口	mgcv.那edger.那SinglecellexPeriment.那概括分析那弹弓那Magrittr.那rcolorbrewer.那生物相投那BioBase.那pbapply.那ggplot2.那宗教训练， 方法，单片那iGraph.那S4Vectors.那娇媚那矩阵那viridis.那MatrixStats.
链接到
建议	kn那RAMAMAMDOW.那testthat.那Covr.那丁浓缩
系统要求
加强
URL.	https://statomics.github.io/traDeseq/index.html.
Bugreports.	https://github.com/statomics/tradeSeq/issues.
取决于我	奥斯卡.Advanced.
进口我
建议我
链接给我
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包档案包

跟随bob 体育网址 在r会话中使用此包的说明。

源包	TRADESEQ_1.5.11.TAR.GZ.
Windows二进制文件	tregeseq_1.5.11.zip.
Macos 10.13（高塞拉）	TRADESEQ_1.5.11.TGZ.
源存储库	git clone https://git.biocondudard.org/packages/tradeseq.
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.biocondudard.org：包装/商业问题
包短网址	https://biocumon.org/packages/tradeseq/
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