TrackViewer

doi:10.18129/b9.bioc.TrackViewer

这是发展TrackViewer的版本;对于稳定版本,请参阅TrackViewer

带有Web界面的R/Bioconductor软件包,用于绘制优雅的交互式曲目或Lollipop图,以促进对多媒体数据的综合分析

生物导体版本:开发(3.16)

可视化映射的读取与注释作为NGS数据集的轨道层,例如芯片seq,rna-seq,miRNA-seq,dna-seq,SNP和甲基化数据。

作者:Jianhong OU [AUT,CRE],朱莉·莉亚(Julie Lihua Zhu)[aut]

维护者:jianhong ou

引用(从r内,输入引用(“ TrackViewer”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“ 4.2”)并输入:

if(!quired(“ Biocmanager”,悄悄= true))install.packages(“ Biocmanager”)#以下初始化Bioc Devel Biocmanager :: install(version = devel ='devel')biocmanager :: install(“ trackViewer”)的用法

对于R的较旧版本,请参考适当的生物导体释放

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档,请启动R并输入:

Browsevignettes(“ TrackViewer”)

html R脚本 TractViewer Vignette:更改轨道样式
html R脚本 TractViewer Vignette:蒲公英
html R脚本 TractViewer Vignette:Lollipopplot
html R脚本 TrackViewer Vignette:概述
html R脚本 TrackViewer Vignette:绘图交互数据
PDF 参考手册
文本 消息

细节

生物浏览 软件,,,,可视化
版本 1.33.5
在生物导体中 Bioc 2.14(R-3.1)(8。5年)
执照 GPL(> = 2)
要看 r(> = 3.5.0),grdevices,方法,基因组机, 网格,RCPP
进口 GenomeInfodB,,,,基因组签名,,,,GenomicFeatures,,,,GVIZ,,,,rsamtools,,,,S4VECTORS,,,,rtracklayer,,,,生物基因,,,,, 工具,iranges,,,,AnnotationDbi,,,,格里姆波特,,,,htmlwidgets,,,,plotrix,,,,rgraphviz,,,,互动集,,,,图形,utils,RHDF5
链接 RCPP
建议 Biomart,,,,txdb.hsapiens.ucsc.hg19,,,,运行,,,,org.hs.eg.db,,,,生物使用,,,,尼特,,,,变体,,,,httr,,,,htmltools,,,,rmarkDown,,,,Motifstack
系统要求
增强
URL
取决于我
进口我 NADFINDER
建议我 atacseqqc,,,,Chippeakanno
链接到我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包 TrackViewer_1.33.5.tar.gz
Windows二进制 TrackViewer_1.33.5.zip
MacOS 10.13(高山脉) TrackViewer_1.33.5.tgz
源存储库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/trackviewer
源存储库(开发人员访问) git clone git@git.bioconductor.org:packages/trackViewer
包装短URL //www.anjoumacpherson.com/packages/trackviewer/
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