topdownr

DOI:10.18129 / B9.bioc.topdownr

这是发展topdownr版本;稳定的发布版本,请参阅topdownr。

调查的分裂状况自上而下的蛋白质组学

Bioconductor版本:发展(3.16)

topdownr包允许自动和片段的系统性调查条件。它创造了热Orbitrap融合lumo方法文件测试数以百计的分散条件。此外它提供函数来分析女士和过程生成的数据和确定最佳条件总体最大化片段覆盖。

作者:塞巴斯蒂安·吉布(aut (cre),帕维尔Shliaha (aut),奥立Nørregaard詹森(aut)

维护人员:塞巴斯蒂安·吉布<邮件在sebastiangibb.de >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“topdownr”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“topdownr”)

HTML	R脚本	数据生成topdownr
HTML	R脚本	topdownr碎片分析
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文本		新闻

细节

biocViews	报道,ImmunoOncology,基础设施,MassSpectrometry,蛋白质组学,软件
版本	1.19.2
Bioconductor自	BioC 3.6 (r - 3.4)(5年)
许可证	GPL (> = 3)
取决于	R(> = 3.5),方法,BiocGenerics(> = 0.20.0),ProtGenerics(> = 1.10.0),Biostrings(> = 2.42.1),S4Vectors(> = 0.12.2)
进口	grDevices、统计数据、工具,跑龙套,Biobase,矩阵(> = 1.4 - 2),MSnbase(> = 2.3.10),ggplot2(> = 2.2.1),mzR(> = 2.27.5)
链接
建议	topdownrdata(> = 0.2),knitr,rmarkdown,管理员,testthat,BiocStyle,xml2
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/sgibb/topdownr/
BugReports	https://github.com/sgibb/topdownr/issues/
取决于我	topdownrdata
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	topdownr_1.19.2.tar.gz
Windows二进制	topdownr_1.19.2.zip
macOS二进制(x86_64)	topdownr_1.19.2.tgz
macOS二进制(arm64)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/topdownr
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ topdownr
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/topdownr/
包下载报告	下载数据