topGO

DOI:10.18129 / B9.bioc.topGO

这是发展topGO版本;稳定的发布版本,请参阅topGO。

富集分析基因本体

Bioconductor版本:发展(3.16)

topGO包提供的工具测试条件而占的拓扑图形。不同的测试数据和不同的方法来消除局部相似性和条件可以实现和应用之间的依赖关系。

作者:Jorg Rahnenfuhrer Adrian Alexa

维护人员:阿德里安Alexa <艾德里安。alexa gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“topGO”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“topGO”)

PDF	R脚本	topGO
PDF		参考手册

细节

biocViews	微阵列,软件,可视化
版本	2.49.0
Bioconductor自	BioC 2.0 (r - 2.5)(15.5年)
许可证	LGPL
取决于	R(> = 2.10.0)、方法BiocGenerics(> = 0.13.6),图(> = 1.14.0),Biobase(> = 2.0.0),GO.db(> = tripwire),AnnotationDbi(> = 1.7.19),SparseM(> = 0.73)
进口	晶格,matrixStats,DBI
链接
建议	所有,hgu95av2.db,hgu133a.db,genefilter,xtable,乘,Rgraphviz,globaltest
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我	BgeeDB,ccTutorial,cellTree,compEpiTools,EGSEA,GRaNIE,理想的,maEndToEnd,moanin,tRanslatome
进口我	APL,BioMM,cellity,consICA,ExpHunterSuite,FoldGO,GOSim,OmaDB,pcaExplorer,psygenet2r,transcriptogramer,ViSEAGO
建议我	FGNet,geva,IntramiRExploreR,miRNAtap,pareg,林格
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	topGO_2.49.0.tar.gz
Windows二进制	topGO_2.49.0.zip
macOS 10.13(高山脉)	topGO_2.49.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/topGO
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ topGO
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/topGO/
包下载报告	下载数据