这是发展tomoseqr的版本;稳定版请参见tomoseqr.
Bioconductor版本:开发(3.17)
' tomoseqr '是一个用于分析Tomo-seq数据的R包。Tomo-seq是一种全基因组RNA断层扫描方法,将高通量RNA测序与冷冻切片相结合,用于空间分辨转录组学。' tomoseqr '从tomo-seq数据重建3D表达模式,并将重建的3D表达模式可视化。
作者:Ryosuke Matsuzawa [aut, cre]
维护:Ryosuke Matsuzawa
引文(从R内,输入引用(“tomoseqr”)
):
要安装此包,请启动R(版本“4.3”)并输入:
如果(!require("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("tomoseqr")
对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放.
要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:
browseVignettes(“tomoseqr”)
超文本标记语言 | R脚本 | tomoseqr |
参考手册 | ||
文本 | 新闻 | |
文本 | 许可证 |
biocViews | GeneExpression,RNASeq,测序,软件,空间,转录组,可视化 |
版本 | 1.3.2 |
在Bioconductor | BioC 3.15 (R-4.2)(1年) |
许可证 | MIT +文件许可证 |
取决于 | R (>= 4.2) |
进口 | grDevices、图形动画,宠物猫,dplyr,stringr,purrr、方法、闪亮的,BiocFileCache,readr、工具、情节,ggplot2 |
链接 | |
建议 | rmarkdown,knitr,BiocStyle,testthat(> = 3.0.0) |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | |
全靠我 | |
进口我 | |
建议我 | |
链接到我 | |
构建报告 |
遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。
源包 | tomoseqr_1.3.2.tar.gz |
Windows二进制 | tomoseqr_1.3.2.zip |
macOS二进制文件(x86_64) | tomoseqr_1.3.2.tgz |
macOS二进制文件(arm64) | tomoseqr_1.3.2.tgz |
源库 | Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/tomoseqr |
源存储库(开发人员访问) | Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/tomoseqr |
生物包浏览器 | https://code.bioconductor.org/browse/tomoseqr/ |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/tomoseqr/ |
软件包下载报告 | 下载数据 |