但在

DOI:10.18129 / B9.bioc.tomoda

这是发展但在版本;稳定的发布版本,请参阅但在。

Tomo-seq数据分析

Bioconductor版本:发展(3.18)

这个包提供了很多简单易用的方法来分析和可视化tomo-seq数据。tomo-seq技术是基于cryosectioning组织和执行RNA-seq连续部分。(参考:克鲁斯F,破车JP,范Oudenaarden,赞美上帝j . Tomo-seq:一个方法来获得全基因组表达数据和空间分辨率。方法细胞杂志。2016;135:299 - 307。doi: 10.1016 / bs.mcb.2016.01.006)包的主要目的是找到区与相似的转录概况和空间表达基因tomo-seq样本。几个visulization函数可用来创建易于修改的情节。

作者:刘Wendao (aut (cre)

维护人员:Wendao刘< liuwd15 tsinghua.org.cn >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“但”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes(“但”)

HTML	R脚本	但在
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	聚类,GeneExpression,RNASeq,测序,软件,空间,转录组,可视化
版本	1.11.0
Bioconductor自	BioC 3.12 (r - 4.0)(2.5年)
许可证	麻省理工学院+文件许可证
取决于	R (> = 4.0.0)
进口	方法、统计、grDevices reshape2、Rtsne umap, RColorBrewer, ggplot2, ggrepel,SummarizedExperiment
链接
建议	knitr rmarkdown,BiocStyle,testthat
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/liuwd15/tomoda
BugReports	https://github.com/liuwd15/tomoda/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	tomoda_1.11.0.tar.gz
Windows二进制	tomoda_1.11.0.zip
macOS二进制(x86_64)	tomoda_1.11.0.tgz
macOS二进制(arm64)	tomoda_1.11.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/tomoda
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/但
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/tomoda/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/tomoda/
包下载报告	下载数据