tilingArray

DOI:10.18129 / B9.bioc.tilingArray

这是发展tilingArray的版本;稳定版请参见tilingArray．

高密度寡核苷酸平铺阵列的转录本作图

Bioconductor版本:开发(3.17)

该软件包提供的功能可用于分析高密度平片微阵列数据(如来自Affymetrix基因芯片)，以测量转录本丰度和结构。该软件包的主要功能有:1。类'segmentation'用于表示线性序列数据的分割;2.函数“分段”拟合分段常数模型使用的动态规划算法，既快又准确;3.函数'confint'用于使用结构包计算置信区间;4.函数'plotAlongChrom'用于生成漂亮的图形;5. the function 'normalizeByReference' for probe-sequence dependent response adjustment from a (set of) reference hybridizations.

作者:Wolfgang Huber, Zhenyu Xu, Joern Toedling, Matt Ritchie贡献

维护者:徐振宇

引文(从R内，输入引用(“tilingArray”))：

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.3”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("tilingArray")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“tilingArray”)

PDF	R脚本	plotAlongChrom函数的介绍
PDF	R脚本	介绍使用分段函数拟合分段常数曲线
PDF		使用tilingArray包中的normalizeByReference函数进行规范化
PDF		分割演示
PDF		补充。成本矩阵的计算
PDF		参考手册

细节

biocViews	微阵列，OneChannel，预处理，软件，可视化
版本	1.77.0
在Bioconductor	BioC 1.6 (R-2.1)或更早(> 17.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (>= 2.11.0)，Biobase、方法、象图
进口	strucchange，affy，vsn，genefilter，RColorBrewer， grid, stats4
链接
建议
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我	davidTiling
进口我	ADaCGH2，snapCGH
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址在R会话中使用此包的说明。

源包	tilingArray_1.77.0.tar.gz
Windows二进制	tilingArray_1.77.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	tilingArray_1.77.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	tilingArray_1.77.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/tilingArray
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/tilingArray
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/tilingArray/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/tilingArray/
软件包下载报告	下载数据