tidybulk

DOI:10.18129 / B9.bioc.tidybulk

这是发展tidybulk版本;稳定的发布版本,请参阅tidybulk。

带来tidyverse转录组

Bioconductor版本:发展(3.16)

这是一个效用函数的集合,允许进行探索和核糖核酸测序数据计算,模块化,pipe-friendly整洁时尚。

作者:斯特凡诺Mangiola (aut (cre),玛丽亚·道尔(施)

维护人员:斯特凡诺Mangiola < mangiolastefano gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“tidybulk”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“tidybulk”)

HTML	R脚本	与基地R
HTML	R脚本	手稿代码——微分功能丰富
HTML	R脚本	手稿——转录签名识别代码
HTML	R脚本	tidybulk包的概述
PDF		参考手册

细节

biocViews	AssayDomain,聚类,DifferentialExpression,GeneExpression,基础设施,归一化,质量控制,RNASeq,测序,软件,转录,转录组
版本	1.9.0
Bioconductor自	BioC 3.11 (r - 4.0)(2年)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 4.1.0)
进口	宠物猫,readr,dplyr,magrittr,tidyr,stringi,stringr,rlang,purrr,tidyselect,preprocessCore、统计、并行,跑龙套,生命周期,尺度,SummarizedExperiment,GenomicRanges、方法
链接
建议	BiocStyle,testthat,vctrs,AnnotationDbi,BiocManager,Rsubread,e1071,刨边机,limma,org.Hs.eg.db,org.Mm.eg.db,股东价值分析,GGally,knitr,qpdf,covr,修拉,KernSmooth,Rtsne,S4Vectors,ggplot2,widyr,clusterProfiler,msigdbr,DESeq2,扫帚,生存,引导,betareg,tidyHeatmap,pasilla,ggrepel,devtools,功能,survminer,tidySummarizedExperiment,减价,uwot,matrixStats,igraph
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/stemangiola/tidybulk
BugReports	https://github.com/stemangiola/tidybulk/issues
取决于我
进口我
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	tidybulk_1.9.0.tar.gz
Windows二进制	tidybulk_1.9.0.zip(64位)
macOS 10.13(高山脉)	tidybulk_1.9.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/tidybulk
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ tidybulk
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/tidybulk/
包下载报告	下载数据