tidySummarizedExperiment

DOI:10.18129 / B9.bioc.tidySummarizedExperiment

这是发展tidySummarizedExperiment版本;稳定的发布版本,请参阅tidySummarizedExperiment。

带来SummarizedExperiment Tidyverse

Bioconductor版本:发展(3.18)

tidySummarizedExperiment包提供了一组工具用于创建和操纵整洁SummarizedExperiment对象的数据表示。SummarizedExperiment生物信息学是一个广泛使用的数据结构来存储高通量基因组数据,如基因表达和DNA测序数据。tidySummarizedExperiment包引入了一个整洁的框架与SummarizedExperiment合作对象。它允许用户将他们的数据转换成一个整洁的格式,其中每个观察是一行,每个变量是一个列。这整洁表示简化了数据操作、集成与其他tidyverse包,并支持无缝集成的更广泛的生态系统整理数据分析的工具。

作者:斯特凡诺Mangiola (aut (cre)

维护人员:斯特凡诺Mangiola < mangiolastefano gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“tidySummarizedExperiment”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“tidySummarizedExperiment”)

HTML	R脚本	tidySummarizedExperiment包的概述
PDF		参考手册

细节

biocViews	AssayDomain,聚类,DifferentialExpression,GeneExpression,基础设施,归一化,质量控制,RNASeq,测序,软件,转录,转录组
版本	1.11.1
Bioconductor自	BioC 3.12 (r - 4.0)(2.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 4.1.0),SummarizedExperiment,ttservice
进口	宠物猫(> = 3.0.4)、dplyr magrittr, tidyr, ggplot2, rlang, purrr,生命周期,方法,阴谋,跑龙套,S4Vectors,省略tidyselect vctrs支柱,stringr, cli, fansi,统计数据
链接
建议	BiocStyle,knitr testthat减价
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/stemangiola/tidySummarizedExperiment
BugReports	https://github.com/stemangiola/tidySummarizedExperiment/issues
取决于我
进口我
建议我	nullranges,tidybulk
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	tidySummarizedExperiment_1.11.1.tar.gz
Windows二进制	tidySummarizedExperiment_1.11.1.zip
macOS二进制(x86_64)	tidySummarizedExperiment_1.11.1.tgz
macOS二进制(arm64)	tidySummarizedExperiment_1.11.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/tidySummarizedExperiment
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ tidySummarizedExperiment
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/tidySummarizedExperiment/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/tidySummarizedExperiment/
包下载报告	下载数据