terraTCGAdata

DOI:10.18129 / B9.bioc.terraTCGAdata

这是发展terraTCGAdata的版本;稳定版请参见terraTCGAdata．

OpenAccess TCGA Data on Terra as MultiAssayExperiment

Bioconductor版本:开发(3.17)

通过完善的Bioconductor基础设施，利用Terra上现有的开放访问TCGA数据。在不了解其复杂性的情况下使用Terra数据模型。使用一些函数，您可以从Terra提供的TCGA示例工作区复制/下载并生成MultiAssayExperiment。

作者:马塞尔·拉莫斯[aut, cre]

维护者:Marcel Ramos < Marcel。Ramosperez在roswellpark.org>

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.3”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("terraTCGAdata")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“terraTCGAdata”)

超文本标记语言	R脚本	获取Terra TCGA数据MultiAssayExperiment
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DataImport，基础设施，软件
版本	1.3.1
在Bioconductor	BioC 3.15 (R-4.2)(1年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (>= 4.2.0)，铁砧，MultiAssayExperiment
进口	BiocFileCache，dplyr，GenomicRanges、方法、RaggedExperiment，readr，S4Vectors统计数据,tidyr，TCGAutils,跑龙套
链接
建议	knitr，rmarkdown，BiocStyle，withr，testthat(> = 3.0.0)
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/waldronlab/terraTCGAdata
BugReports	https://github.com/waldronlab/terraTCGAdata/issues
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	terraTCGAdata_1.3.1.tar.gz
Windows二进制	terraTCGAdata_1.3.1.zip
macOS二进制文件(x86_64)	terraTCGAdata_1.3.1.tgz
macOS二进制文件(arm64)	terraTCGAdata_1.3.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/terraTCGAdata
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/terraTCGAdata
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/terraTCGAdata/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/terraTCGAdata/
软件包下载报告	下载数据