terraTCGAdata

DOI:10.18129 / B9.bioc.terraTCGAdata

这是发展terraTCGAdata的版本;稳定版请参见terraTCGAdata

OpenAccess TCGA Data on Terra as MultiAssayExperiment

Bioconductor版本:开发(3.17)

通过完善的Bioconductor基础设施,利用Terra上现有的开放访问TCGA数据。在不了解其复杂性的情况下使用Terra数据模型。使用一些函数,您可以从Terra提供的TCGA示例工作区复制/下载并生成MultiAssayExperiment。

作者:马塞尔·拉莫斯[aut, cre]

维护者:Marcel Ramos < Marcel。Ramosperez在roswellpark.org>

引文(从R内,输入引用(“terraTCGAdata”)):

安装

要安装此包,请启动R(版本“4.3”)并输入:

如果(!require("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("terraTCGAdata")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“terraTCGAdata”)

超文本标记语言 R脚本 获取Terra TCGA数据MultiAssayExperiment
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews DataImport基础设施软件
版本 1.3.1
在Bioconductor BioC 3.15 (R-4.2)(1年)
许可证 艺术- 2.0
取决于 R (>= 4.2.0),铁砧MultiAssayExperiment
进口 BiocFileCachedplyrGenomicRanges、方法、RaggedExperimentreadrS4Vectors统计数据,tidyrTCGAutils,跑龙套
链接
建议 knitrrmarkdownBiocStylewithrtestthat(> = 3.0.0)
SystemRequirements
增强了
URL https://github.com/waldronlab/terraTCGAdata
BugReports https://github.com/waldronlab/terraTCGAdata/issues
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 terraTCGAdata_1.3.1.tar.gz
Windows二进制 terraTCGAdata_1.3.1.zip
macOS二进制文件(x86_64) terraTCGAdata_1.3.1.tgz
macOS二进制文件(arm64) terraTCGAdata_1.3.1.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/terraTCGAdata
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/terraTCGAdata
生物包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/terraTCGAdata/
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/terraTCGAdata/
软件包下载报告 下载数据

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  • 支持网站-询问有关Bioconductor封装的问题
  • 正常词 邮件列表——供包开发人员使用bob电竞体育官网