ternarynet

DOI:10.18129 / B9.bioc.ternarynet

这是发展ternarynet版本;稳定版请参见ternarynet．

三元网络估计

Bioconductor版本:开发(3.17)

基因调控网络(GRN)建模旨在推断基因之间的依赖关系，从而提供对存在于细胞内的调控关系的洞察。该软件包提供了一种计算贝叶斯方法，用于使用三元网络模型从扰动实验中估计GRN，其中基因表达被离散为3种状态之一:向上、不变或向下)。ternarynet包包括一个副本交换蒙特卡洛算法的并行实现，用于使用MPI拟合网络模型。

作者:Matthew N. McCall ， Anthony Almudevar ， David Burton ， Harry Stern < Harry。在rochester。edu>

维护者:McCall N. Matthew

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.3”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("ternarynet")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“ternarynet”)

PDF	R脚本	三元网络:三元网络估计的计算贝叶斯方法
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	贝叶斯，CellBiology，GraphAndNetwork，网络，软件
版本	1.43.0
在Bioconductor	BioC 2.10 (R-2.15)(11年)
许可证	GPL (>= 2)
取决于	R (>= 4.0)
进口	跑龙套,igraph，方法，图形，统计，BiocParallel
链接
建议	testthat
SystemRequirements
增强了	Rmpi，雪
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	ternarynet_1.43.0.tar.gz
Windows二进制	ternarynet_1.43.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	ternarynet_1.43.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	ternarynet_1.43.0.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ternarynet
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/ternarynet
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/ternarynet/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/ternarynet/
软件包下载报告	下载数据