tRanslatome

DOI:10.18129 / B9.bioc.tRanslatome

这是发展tRanslatome版本;稳定的发布版本,请参阅tRanslatome。

比较多的基因表达水平

Bioconductor版本:发展(3.17)

差异表达基因的检测(度)的比较两个生物条件(治疗与不治疗,病变与正常,突变体与野生型)在不同水平的基因表达(转录组、translatome蛋白质组),使用几种统计方法:等级产品,转化效率、t检验,Limma, ANOTA, DESeq,磨边机。可能画出结果与散点图、直方图马情节,标准偏差(SD)的情节,变异系数(CV)的阴谋。检测大大丰富了转录后调控因素(RBPs, microrna等)和基因本体术语列表的先前确定度两个表达水平。比较的方面丰富只在一个水平或在两种。计算语义相似度得分之间丰富的列表项来自两个表达水平。丰富的视觉检查和比较接受的热图,雷达情节和barplots。

作者:托马迪亚尔迪在内的埃里克•Dassi方铅矿Kostoska

维护人员:生田斗真Tebaldi < Tebaldi science.unitn。>,Erik Dassi <埃里克。在unitn.it dassi >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“tRanslatome”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

PDF		参考手册

细节

biocViews	生物信息学,CellBiology,DifferentialExpression,去,GeneExpression,GeneRegulation,HighThroughputSequencing,微阵列,MultipleComparisons,质量控制,监管,软件
版本	1.37.0
Bioconductor自	BioC 2.13 (r - 3.0)(9.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R(> = 2.15.0)、方法limma,sigPathway,anota,DESeq2,刨边机,RankProd,topGO,org.Hs.eg.db,GOSemSim,Heatplus,gplots,plotrix,Biobase
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包档案

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源包
Windows二进制
macOS二进制(x86_64)
macOS二进制(arm64)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/tRanslatome
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ tRanslatome
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/tRanslatome/
包下载报告	下载数据