tLOH

DOI:10.18129 / B9.bioc.tLOH

这是发展tLOH版本;稳定的发布版本,请参阅tLOH。

评估证据LOH在空间使用贝叶斯因子转录组预处理数据计算

Bioconductor版本:发展(3.18)

tLOH或transcriptomicsLOH评估证据,杂合性丢失(LOH)预处理空间转录组数据。这个工具需要空间集群和等位基因转录组信息可能杂合的单核苷酸多态性(SNP)在VCF格式。贝叶斯因子计算在每个SNP来确定潜在的杂合性丢失事件的可能性。包括两个绘图函数可视化每染色体等位基因分数和聚合贝叶斯因子。数据生成的10倍基因组基因表达Visium空间平台必须预处理获得个体样本VCF每个集群的列。必需的字段是等位基因深度(广告)与参考计数/替代等位基因和阅读深度(DP)。

作者:米歇尔·韦伯(cre, aut),大卫·克雷格(aut)

维修工:米歇尔·韦伯< michelgw usc.edu >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“tLOH”)

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文档

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HTML	R脚本	tLOH
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	CopyNumberVariation,GeneExpression,单核苷酸多态性,软件,转录,转录组
版本	1.9.0
Bioconductor自	BioC 3.13 (r - 4.1)(2年)
许可证	麻省理工学院+文件许可证
取决于	R (> = 4.2)
进口	尺度,统计,跑龙套,ggplot2数据。表、purrr dplyr,VariantAnnotation,GenomicRanges,MatrixGenerics,depmixS4 bestNormalize naniar stringr
链接
建议	knitr, rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/USCDTG/tLOH
BugReports	https://github.com/USCDTG/tLOH/issues
取决于我
进口我
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包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	tLOH_1.9.0.tar.gz
Windows二进制	tLOH_1.9.0.zip
macOS二进制(x86_64)	tLOH_1.9.0.tgz
macOS二进制(arm64)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/tLOH
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ tLOH
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/tLOH/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/tLOH/
包下载报告	下载数据