systemPipeShiny

DOI:10.18129 / B9.bioc.systemPipeShiny

这是发展systemPipeShiny版本;稳定的发布版本,请参阅systemPipeShiny。

systemPipeShiny:交互式工作流管理和可视化的框架

Bioconductor版本:发展(3.18)

systemPipeShiny (SPS)扩展了广泛使用systemPipeR (SPR)工作流环境通用图形用户界面提供了一个闪亮的应用。这允许模拟用户,如实验,许多systemPipeR的工作流设计、运行控制、和可视化功能交互,而无需了解R .最重要的是,SPS被设计为一个通用的框架与其他R包在一个直观的方式进行交互。最喜欢的应用程序,SPS可以使用本地电脑上以及集中式服务器的部署,可以远程访问web服务作为公共使用SPR与社区和/或私人数据的功能。框架可以从R /集成很多核心包Bioconductor生态系统。SPS的例子目前的功能包括:(a)创建交互式实验设计和元数据使用一个容易使用的表格编辑器或文件上传;(b)的可视化工作流拓扑结合R减价预览交互式地设计工作流的自动生成;(d)获得各种数据处理例程;(e)和一组可扩展的可视化功能。复杂的视觉结果可以管理一个画布工作台允许用户组织和比较情节在一个高效的方式结合会话快照功能继续工作在稍后的时间。目前套预配置可视化例子。SPR的模块化设计便于设计定制函数没有任何闪亮的知识,以及扩展环境与社区的贡献在未来。

作者:张(aut (cre),达妮埃拉Cassol (aut) Ponmathi Ramasamy (aut) Jianhai张(aut),戈登•莫舍(aut),托马斯Girke (aut)

维护人员:张Le <勒。在email.ucr.edu zhang001 >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“systemPipeShiny”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“systemPipeShiny”)

HTML	R脚本	systemPipeShiny
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	聚类,DataImport,ExperimentalDesign,基础设施,质量控制,ReportWriting,测序,ShinyApps,软件
版本	1.9.4
Bioconductor自	BioC 3.12 (r - 4.0)(2.5年)
许可证	GPL (> = 3)
取决于	R(> = 4.0.0),闪亮的(> = 1.6.0),spsUtil (> = 0.2.2) spsComps(> = 0.3.2),抽屉(> = 0.2)
进口	DT,为了bsplus,蜡笔,dplyr ggplot2, htmltools,胶水,magrittr,方法,阴谋,rlang, rstudioapi, shinyAce, shinyFiles, shinyWidgets, shinydashboard, shinydashboardPlus (> = 2.0.0) shinyjqui, shinyjs, shinytoastr, stringr,统计,斯泰勒,宠物猫,跑龙套,发呜呜声(> = 1.3.1)、yaml、R6, RSQLite, openssl
链接
建议	testthat,BiocStyleknitr rmarkdown,systemPipeR(> = 2.2.0),systemPipeRdata(> = 2.0.0),rhandsontable,邮编,callr, pushbar, fs, readr, R.utils,DESeq2,SummarizedExperiment,pheatmap glmpca网格,猿,Rtsne, UpSetR, tidyr, esquisse(> = 1.1.0),导游
SystemRequirements
增强了
URL	https://systempipe.org/spshttps://github.com/systemPipeR/systemPipeShiny
BugReports	https://github.com/systemPipeR/systemPipeShiny/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	systemPipeShiny_1.9.4.tar.gz
Windows二进制	systemPipeShiny_1.9.4.zip(64位)
macOS二进制(x86_64)
macOS二进制(arm64)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/systemPipeShiny
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ systemPipeShiny
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/systemPipeShiny/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/systemPipeShiny/
包下载报告	下载数据