systemPipeR

DOI:10.18129 / B9.bioc.systemPipeR

这是发展systemPipeR版本;稳定版请参见systemPipeR．

systemPipeR: NGS工作流和报告生成环境

Bioconductor版本:开发(3.16)

R包用于构建和运行广泛的下一代序列(NGS)应用程序的自动化端到端分析工作流，如RNA-Seq, ChIP-Seq, VAR-Seq和Ribo-Seq。重要的特性包括跨不同NGS应用程序的统一工作流接口，自动生成报告，以及支持在本地计算机或计算集群上运行R和命令行软件，例如NGS对齐器或峰值/变量调用器。高效地处理复杂的样本集和实验设计是由一个一致实现的样本注释基础设施促进的。使用systemPipeR的说明在Overview Vignette (HTML)中给出。下面链接的其余小插图是常见NGS用例的工作流模板。

作者:Thomas Girke

维护者:Thomas Girke < Thomas。Girke在ucr.edu>

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("systemPipeR")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“systemPipeR”)

超文本标记语言	R脚本	工作流和可视化工具包
超文本标记语言	R脚本	systemPipeR:工作流集合
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	对齐,ChIPSeq,报道,DataImport,GeneExpression,GeneSetEnrichment,遗传学,ImmunoOncology,基础设施,MethylSeq,质量控制,RNASeq,ReportWriting,RiboSeq,单核苷酸多态性,测序,软件,工作流
版本	2.3.2
在Bioconductor	BioC 3.0 (R-3.1)(八年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	Rsamtools(> = 1.31.2),Biostrings,ShortRead(>= 1.37.1)，方法
进口	GenomicRanges,SummarizedExperiment,ggplot2,yaml,stringr,magrittr,S4Vectors,蜡笔,BiocGenerics,htmlwidgets
链接
建议	BiocStyle,knitr,rmarkdown,systemPipeRdata,GenomicAlignments、网格dplyr,testthat,rjson,注释,AnnotationDbi,kableExtra,GO.db,GenomeInfoDb,DT,rtracklayer,limma,刨边机,DESeq2,IRanges,batchtools,GenomicFeatures(> = 1.31.3),VariantAnnotation(> = 1.25.11)
SystemRequirements	systemPipeR可用于运行外部命令行软件(例如，短读取对齐器)，但需要在系统上安装相应的工具。
增强了
URL	https://systempipe.org/https://github.com/tgirke/systemPipeR
全靠我
进口我	DiffBind,RNASeqR
建议我	systemPipeRdata,systemPipeShiny,systemPipeTools
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	systemPipeR_2.3.2.tar.gz
Windows二进制	systemPipeR_2.3.2.zip(64位)
macOS 10.13 (High Sierra)	systemPipeR_2.3.2.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/systemPipeR
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/systemPipeR
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/systemPipeR/
软件包下载报告	下载数据