synapter

DOI:10.18129 / B9.bioc.synapter

这是发展synapter版本;稳定的发布版本,请参阅synapter。

Label-free数据分析管道最优识别和定量

Bioconductor版本:发展(3.17)

可利用label-free synapter包提供功能蛋白质组学数据获得Synapt G2质谱仪。一个或多个运行时,可能处理额外的离子流动分离,以提高识别的准确性可以结合其他定量文件最大化识别和定量精度。

作者:Laurent与尼克·j·邦德,帕维尔诉Shliaha和塞巴斯蒂安·吉布。

维修工:Laurent与<劳伦。与uclouvain。是>塞巴斯蒂安·吉布<邮件在sebastiangibb.de >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“synapter”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“synapter”)

HTML	R脚本	结合HDMSe / MSe数据使用的synapter优化识别和定量
HTML	R脚本	片段匹配使用“synapter”
HTML	R脚本	Synapter2和synergise2
PDF		参考手册

细节

biocViews	ImmunoOncology,MassSpectrometry,蛋白质组学,质量控制,软件
版本	2.23.0
Bioconductor自	BioC 2.11 (r - 2.15)(10.5年)
许可证	GPL-2
取决于	R(> = 3.1.0)、方法MSnbase(> = 2.1.2)
进口	RColorBrewer,晶格,qvalue,乘,跑龙套,工具,Biobase,Biostrings,切肉刀(> = 1.3.3),readr(> = 0.2),rmarkdown(> = 1.0)
链接
建议	synapterdata(> = 1.13.2),xtable,testthat(> = 0.8),大脑,BiocStyle,knitr
SystemRequirements
增强了
URL	https://lgatto.github.io/synapter/
取决于我	synapterdata
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	synapter_2.23.0.tar.gz
Windows二进制	synapter_2.23.0.zip
macOS二进制(x86_64)	synapter_2.23.0.tgz
macOS二进制(arm64)	synapter_2.23.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/synapter
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ synapter
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/synapter/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/synapter/
包下载报告	下载数据