svaRetro

DOI:10.18129 / B9.bioc.svaRetro

这是发展svaRetro版本;稳定的发布版本,请参阅svaRetro。

Retrotransposed成绩单从结构性变异检测

Bioconductor版本:发展(3.17)

svaRetro包含功能检测retrotransposed成绩单(RTs)调用结构变体。需要调用结构变体在农庄breakend符号和标识RTs exon-exon连接和插入网站。候选人RTs报告事件和注释信息的插入记录。

作者:破坏越南盾(aut (cre)

维修工:毁了董< lnyidrn gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“svaRetro”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

PDF		参考手册

细节

biocViews	注释,报道,DataImport,遗传学,测序,软件,VariantAnnotation,VariantDetection
版本	1.5.0
Bioconductor自	BioC 3.14 (r - 4.1)(1年)
许可证	GPL-3 +文件许可
取决于	GenomicRanges,rtracklayer,BiocGenerics,StructuralVariantAnnotationR (> = 4.0)
进口	VariantAnnotation,为了,Biostrings,stringr,dplyr、方法、rlang,GenomicFeatures,GenomeInfoDb,S4Vectors,跑龙套
链接
建议	TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene,ggplot2,devtools,testthat(> =魅惑,roxygen2,knitr,BiocStyle,plyranges,circlize,发出滴答声,IRanges统计数据,SummarizedExperiment,rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports	https://github.com/PapenfussLab/svaRetro/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包
Windows二进制
macOS二进制(x86_64)
macOS二进制(arm64)	svaRetro_1.5.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/svaRetro
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ svaRetro
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/svaRetro/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/svaRetro/
包下载报告	下载数据