svaNUMT

DOI:10.18129 / B9.bioc.svaNUMT

这是发展svaNUMT版本;稳定版请参见svaNUMT。

来自结构变量调用的NUMT检测

Bioconductor版本:开发(3.17)

svaNUMT包含从结构变量调用中检测NUMT事件的函数。它采用断点标记GRanges中的结构变体调用，并通过核-线粒体断点连接识别numt。如果在一定距离阈值内的核基因组上发现一对有效的插入位点，则main函数报告候选numt。候选numt由事件报告。

作者:毁东[aut, cre]

维护者:毁东

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.3”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("svaNUMT")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放。

文档

PDF		参考手册

细节

biocViews	注释，DataImport，遗传学，测序，软件，VariantAnnotation
版本	1.5.0
在Bioconductor	bio3.14 (R-4.1)(1年)
许可证	GPL-3 +文件许可证
取决于	GenomicRanges，rtracklayer，VariantAnnotation，StructuralVariantAnnotation，BiocGenerics，Biostrings， r (>= 4.0)
进口	为了，stringr，dplyr、方法、rlang，GenomeInfoDb，S4Vectors，GenomicFeatures
链接
建议	TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene，BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19，ggplot2，devtools，testthat(> =魅惑,roxygen2，knitr，readr，plyranges，circlize，IRanges，SummarizedExperiment，rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports	https://github.com/PapenfussLab/svaNUMT/issues
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包
Windows二进制
macOS二进制文件(x86_64)
macOS二进制文件(arm64)	svaNUMT_1.5.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/svaNUMT
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/svaNUMT
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/svaNUMT/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/svaNUMT/
软件包下载报告	下载数据