surfaltr

DOI:10.18129 / B9.bioc.surfaltr

这是发展surfaltr版本;稳定的发布版本,请参阅surfaltr。

表面蛋白的快速比较同种型膜通过surfaltr拓扑

Bioconductor版本:发展(3.18)

细胞表面蛋白形成的主要部分制药蛋白质组和可用于组织交付寡核苷酸/细胞疗法。或者拼接表面蛋白亚型已被证明有不同的亚细胞定位和/或跨膜(TM)拓扑。表面蛋白疏水性,仍难以研究从而迫使使用TM TMHMM和Phobius等拓扑预测方法。然而,存在一个需要生物信息学方法简化批处理的亚型比较和可视化拓扑。为了解决这个差距,我们开发了一个R包,surfaltr。它对输入亚型,已知的或者拼接或者小说,与APPRIS注释主要同行,预测他们的TM拓扑使用TMHMM或Phobius,生成一个可定制的图形输出。此外,surfaltr促进生物多样性的优先级同种型对通过三种不同的排名指标的整合和蛋白质对齐功能。引用程序可以找到这里提到的故事。

作者:Pooja Gangras (aut (cre),Aditi商人(aut)

维护人员:Pooja Gangras < gangras_pooja lilly.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“surfaltr”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“surfaltr”)

HTML	R脚本	surfaltr_vignette
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	对齐,DataRepresentation,MultipleComparison,MultipleSequenceAlignment,软件,SplicedAlignment,可视化
版本	1.7.0
Bioconductor自	BioC 3.14 (r - 4.1)(1.5年)
许可证	麻省理工学院+文件许可证
取决于	R (> = 4.0)
进口	dplyr (> = 1.0.6),biomaRt(> = 2.46.0)protr (> = 1.6 2), seqinr (> = 4.2 5), ggplot2(> = 3.3.2),跑龙套(> = 2.10.1)stringr (> = 1.4.0),Biostrings(> = 2.58.0)readr (> = 1.4.0) httr (> = 1.4.2) testthat (> = 3.0.0), xml2 (> = 1.3.2),msa(> = 1.22.0)、方法(> = 4.0.3)
链接
建议	knitr、rmarkdown devtools kableExtra
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	surfaltr_1.7.0.tar.gz
Windows二进制	surfaltr_1.7.0.zip
macOS二进制(x86_64)	surfaltr_1.7.0.tgz
macOS二进制(arm64)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/surfaltr
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ surfaltr
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/surfaltr/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/surfaltr/
包下载报告	下载数据